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改变了之前朝廷和地方的关系，现在不是朝廷逼迫地方催征赋税然后解运朝廷了，而是地方督抚要向朝廷请求拨款了，因为朝廷的拨款直接影响到地方各项工程的开展，而这些基础设施的开展，也势必影响地方官员的考成，所以在这种情况之下，朝廷的地方关系其实已经出现了变化。
朱载坖对太子、太孙说道：“事有变易，则当因势利导，如今日，兵、财皆在朝廷之手，而督抚系地方治乱之要，如无权柄，何以行政？”
朱载坖的看法是现在必须要限制巡按御史的权力，将巡按御史重新回归到监察官员的本职上来，不允许巡按御史干预地方行政，保障督抚和地方官员的权力，这点是极为重要的。
同时在督抚之间搞制衡，督抚看似是上下级关系，但是实际上总督虽然有权节制巡抚，但是巡抚并非总督的下级。
督抚关系首先表现的是最密切的同僚关系。二者共同对辖区负责，常常一荣俱荣、一辱俱辱。通常情况下，巡抚辖一省、一镇之地，而总督统辖数巡抚之地。在职权方面，总督偏重于军事，巡抚侧重于民政。但随着巡抚加有赞理或提督军务衔，其开始掌握军事权，与地方总督共同负责一地军务。
按照朝廷的定例，总督负责军事统筹指挥，巡抚负责粮饷、修城等军事活动的具体执行。由此可知，地方总督与巡抚在军事领域有着密切联系。地方总督具有军事统筹调度权，因而能够在军事方面调度指挥巡抚，即所谓的节制。
但是在朝廷给总督的敕书中，就可以发现其中的端倪，朝廷在赋予总督节制下去文武官员权力之时，无一不首先强调该地现在军事形势之严峻，然后再赋予总督权力。这种表达逻辑旨在告诉总督们，朝廷之所以命其总督军务并赋予节制权力，是出于解决该地现在严峻的军事问题的需要。
军事形势的需要和总督节制权的赋予构成前因和后果，表明皇帝仅就军事方面授予总督节制巡抚的权力。所以，地方总督除在战事上节制调度巡抚外，其他事务一般不干涉巡抚，二者就是共同辖区内的同僚。他们在共同区域行政，共同对辖境军民负责。
总督并没有实际领导巡抚的权力，在之前的抗倭之战中，这事就暴露无疑了，胡宗宪为此
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