就曾经上疏抱怨过：“臣受命总督，得节省三省。一切调度兵食，皆赖各处巡抚协心共济。而近多游食养望，未有实见讲求者，即有疏虞，臣何以自解？夫各边巡抚之与总督相见，原有定规，今俱抗衡，无逊诎意。至于操江都御史，则虽文移亦不复通。臣徒拥总督虚位，而无其实。”
各省巡抚对于总督不听节制的情况是时有发生的，尤其是在非军事层面，很多总督都为此向朝廷抱怨，认为总督“虚悬节制之命，轻重不得，易成凿枘”，巡抚不听总督节制的情况时有发生。即使在军事方面，总督的节制权也难以完全发挥。
朱载坖认为，督抚之间要形成制衡和分权，才能够保证朝廷在地方的行政体系的稳定，巡抚专司行政，而总督侧重于军务，在军务上，巡抚必须无条件的服从总督，但是总督也不能干涉巡抚的行政权力，这样才能够形成大小相制，内外相维的局面，而巡按御史的作用这些穿插其中，进行监察，同时成为朝廷的耳目风宪，与厂卫等共同构成朝廷对于地方的监视体系。