朱载坖在御座上，对于这些臣子们的互相攻讦，充耳不闻，等他们说完之后，朱载坖表示自己会考虑他们所说的，随后就回到文华殿，召集阁部重臣和太子朱翊釴一道商量漕运的事情，现在漕运积弊已深，已经到了必须要改革的地步了，对于漕运的改革方案，要尽快拿出来。
对于现在漕运，朱载坖是下定决心要予以大规模的改革了，对于具体的改革方案，朱载坖认为以河海兼济作为总的方针，河运、海运不可偏废，海运是主力，对于朝廷来说，运河的作用要从朝廷运输的主力变成朝廷的备用运输路径，只有在海路出现问题的时候，才会启用运河漕运。
但是运河仍然是大明重要的运输通道，朝廷也会对其进行修整，同时保障朝廷的运输，还有沿岸百姓的灌溉之用，要削弱运河的运输功能，以防范水害为治水的方针。
不过眼下的重要是问题是运河上的运军还有很多漕帮应该怎么处理，是一个很严峻的问题，事实上，刑部已经收到了各地方官府的奏报，漕帮、运军因为朝廷在考虑改革漕运的问题，已经渐渐有不稳的迹象了，这一月以来，已经多次发生恶性案件。
刑部向朱载坖奏报：庐州漕帮劫匪案，王七在桃源丁家集持刀强奸孀妇张沈氏,砍伤张沈氏之子张玉良,抢走衣服钱文。九月十三日,王七与黄有志、刘二皮、刘三皮各带凶器,在桃源县丁家嘴抢劫沈宽与胡士全银钱、茶叶。九月十五日，王七与戚大棍子、冷玉、丁大本、丁小本、于二、彭兆芝,将黄贵殴死。其后，王七仍赴镇海帮管驾船只,因与所雇水手王维林、小李三、小刘三饮酒吵闹,王七即用木棍将王维林等手足殴伤。王七还制备抬枪、鸟枪、竹标,以备斗殴。
运军与漕帮之间的斗殴也更加频繁，地方官府奏报：“粮船水手,犷悍性成,往往寻仇斗殴,甚至戕害人命。虽屡经严加惩创,而积习相沿,悍不畏法。”
朱载坖冷笑着说道：“这是想要挟于朕吗？”
不仅仅如此，这些漕帮成员公然群殴，甚至于伤害官军士卒，山东按察使司奏报：“镇江后帮漕船行抵济宁枣林闸时,与本帮前所水手群殴,原派分驻河干官弁兵单,弹压不住,以致戕杀多命。”
后经山东
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