对于满朝纷纷的讨论，朱载坖并没有立即作出决定，而是召集了内阁辅臣、户部尚书鄢懋卿、户部尚书总督仓场王国光、兵部尚书汪道昆、工部尚书严世蕃，一道商量有关漕运的问题。
朱载坖首先让臣子们阐述一些漕运现在所存在各种弊端，对于漕运存在弊端，各位阁部重臣都从自己的角度阐述了漕运的弊端，鄢懋卿、王国光主要是认为漕运的成本太高，一石米从东南运到京师，所花的费用已经是四石了，而海运四百万石米，加上损耗和可能出现的事故，运费不过一百六十万石，远远低于漕运的费用。
而兵部尚书汪道昆则是认为为了维持漕运，朝廷不得已每年投入大量的军队人力，还负责保障漕运，除了十余万的运军是直接用在漕运身上的之外，还有为了保障运河而设置的各种杂役，这些绝大部分都要由沿途的卫所来负责，对于沿途的卫所来说，已经是形成了一个非常沉重的负担。
同时汪道昆还说明了另外一个问题，就是运河上的事故问题，运河上行船,要用纤绳拉拽。过闸时耽搁很久,闸的出、入口经常有船只倾翻,水手们很少能幸免于难，如在淮安的天妃闸，就经常出现各种事故。同时使得这些河道的上面的纤夫可以随意勒索运军。
在漕船聚集的时候，由于天妃闸的纤夫、闸夫们均是熟知水性的陈年地棍,开闸闭闸,一举手就能决定人船的生死存亡。因此,从天妃闸经过,即便是官方漕船也要按石交银,每石8厘至1分。
汪道昆说道：“陛下，闸夫勒索运军，已成陋规，彼辈稍不遂意,绞关左右,绳缆松紧,闸棍略显神通,磕撞立时粉碎。漕粮、白粮,每年每帮定损数只。水手抢救,剥船捞运,尽是闸棍一党,获利更多。而军民之性命身家,遂断送于此矣。”
由此还引申出来另一个严重的问题的，就是所谓的漕帮，天顺四年定例，定漕船11770艘,官军12万人，用于运送漕粮，但是这些运军在常年的运送漕粮的过程中形成了大大小小的漕帮一百多个，这些漕帮为害运河，形同劫匪，不仅沿途的商人百姓颇受其害，就是为朝廷运送漕粮的运军也要受其挟制，向他们缴纳保护费，稍不注意，他们就明火执仗、公然抢劫
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