除此之外，还要对于学校制定严格的考核制度，加强对于学校的管理，朱载坖说道：“盖学所以扶天理，淑人心也。皇极由之而建，大化由之而运，世道由之而清。风化本源，国家政务，未有舍此而先者。或未有备，则无以维三纲五常具，示作人重道之心。”
学校是大明培养人才的场所，是干系到天下治乱兴衰的大事，大明历代先帝，对于学校都是极为重要的，朱载坖认为：“夫天下之不治，由于士风之衰薄，而士风之衰薄，由于学术之不明。”
在太祖开国之初，即便是朝廷用度极为短缺，各地用兵不断地情况下，太祖皇帝仍旧对于生员们予以优待，当时生员“馔米三月至十月，终日食三餐，每人日支米一升，十一月至次年二月，终日食二餐，每人每月可以领取五勺米，其余物料，按日发放，只有朔望时不发。”
在朝廷安定之后，更是逐步提高对于生员的待遇，以示对于教育的重视，而朱载坖即位以来，也把教育当作朝廷的大事来说，开展了所谓的隆庆兴学，大规模恢复了洪武时期所设立的社学，设立各种专门学校以培养人才，同时以朝廷太仓和内帑补贴学校，尽可能的使得普通百姓的子弟能够上学，扩大受教育的面积。
但是于此同时，生员们的行为怪诞、放荡也是一个比较突出的问题，所以这次朱载坖下令要对于这些生员们予以整顿，朱载坖重申太祖皇帝的诏令称：“学校之设，所以广教化，厚风俗，期在得人以资任用。礼部将旧学规出榜申明禁约，著国子监、府州县学遵守。务要教养有法，学业有成，国家得其成材任用。”
学校是朝廷培养人才的地方，不是放纵各种怪诞之说的地方，尤其是王学中的禅宗一派，更是朱载坖所极为厌恶的，现在空谈之风又开始在社会上弥漫开来。晚年的王阳明沉迷禅宗，在他死后，其弟子片面发展其思想中的禅宗部分，使心学最终也走向清谈空疏。随着王学的泛滥，使得士子只顾高谈心性，诵读语录，背诵公案，却不通经术，对于实际学问和现实问题置若罔闻，一味清谈，误国误民，败坏风气。
同时这些生员们往往在各级学校不能认真学习，反而在地方干预政务，或者是假借生员游历为名，四处游荡讲
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