分开，也是加强朝廷对于官军控制的重要手段。
各兵团之间有相互的防区，同时即便是统帅，其决策也要受到参谋司的制约，参谋司可以直接向参谋军务总署汇报相关情况，并且向统帅提出建议，一旦发现有异动情形，参谋司可以立即向参谋军务总署奏报，同时知会驻各兵团的锦衣亲军和宪兵都司校尉，同时各兵团的统帅仍旧是军事主官，独立行使指挥权，参谋司也要在其领导之下运作。
在朝廷的命令下达后，西域的战事也愈演愈烈了，大明和卫拉特四部的谈判进展仍旧不大，这使得朱载坖失去了耐心，明确指令襄国公李成梁加大对于卫拉特部打击力度，同时从伊犁河谷威胁阿克苏，增加朝廷对于叶尔羌的压力，而在交河，率先和叶尔羌主力接战的是交河前卫的官军。
在官军从夏尔沟堡撤守之后，就一直在加强阿拉沟口的防御，以应对叶尔羌人的进攻，叶尔羌人穿越百里的阿拉沟用了两天时间，主要是官军埋设的地雷和铁蒺藜等迟滞了叶尔羌军队的脚步。