军务总署所制定的方案，现在主要是打好交河之战，应当命令南路两个兵团加快脚程，驰援交河，同时北路兵团要给叶尔羌施加压力，逼迫其回援，而南路两个兵团则是大明向西域所挥出的两个拳头。
按照李如松的计划，从哈密出发之后，两个兵团先西进驰援交河，而后董一元兵团直接南下，经托克逊、博湖取道库尔勒直取和田，而戚金兵团则是经天山一路向西，直取喀什打通西域南北路的交通要道，消灭叶尔羌汗国，控制整个西域南路。
对于参谋军务总署的这个筹划，朱载坖还是比较认可的，起码有了一点战役指挥的样子了，对于具体的战术指挥，则是有各兵团统帅临机决定，同时西域总督也要协调各兵团之间的相互配合，保障各兵团的后勤给养。
除了参谋军务总署之外，军需后勤总署也向朝廷提交了完备的后勤方案，涵盖了整个西域的道路营建，兵站配置，给养运输和牲畜的调拨等事项，军需后勤总署认为，为了维持朝廷大军在西域的征战，今年必须保证向西域转运粮秣三百万石，还有相应的豆料、马草、军器、弹药等物资，要动员陕甘和西域三十九个卫所和近十万的民夫，帮助朝廷转运物资。
军需后勤总署认为，随着西域屯垦的增加和战事的平息，预计每年减少粮秣转运四十到五十万石，等到伊犁河谷等地的军屯有了收获之后，朝廷的转运压力就会小多了，同时可以送西域调拨粮食接济陕甘等地。
朱载坖这次批准了参谋军务总署和军需后勤总署的相关计划，要求他们督促西域各兵团和兵站都司等部队执行朝廷的计划，同时就参谋军务总署等的计划有不同意之处，可以直接以密疏的形式向朱载坖反映，朱载坖下诏命令西域各兵团要忠实执行参谋军务总署的筹划，各部和衷共济，务求必克。
这次参谋军务总署的计划，取消了所有的战术筹划，将战术谋划的权力完全下放给了各兵团的参谋司，由各兵团统帅负责具体的战术执行，参谋军务总署只在战役层面上规定了各兵团的任务和各兵团协同作战的相关事项，这点朱载坖还是很满意的，参谋军务总署必须首先明确自己的作用，才能够领导各兵团、各镇的参谋司运作，将战术指挥和战役指挥
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