官军在阿拉沟堡加固工事，严阵以待，同时夏尔沟的守军也带来了有关叶尔羌汗国的军队的相关情况，针对叶尔羌汗国的相关特点，官军也对工事做了相应的调整，阿拉沟口的地势相对要宽阔一些，便于双方展开兵力，这点对于官军来说是相对有利的。
阿拉沟起奎先达坂东侧，东至阿拉沟口以东约十四里处，全长约二百里，深度在三丈到三十丈之间，平均宽度一里，形成一条弯曲的狭长山沟；地势险恶，最窄处仅能通行车辆，具有“一夫当关，万夫莫开”的易守难攻特点，而阿拉沟口呈现一个喇叭形，便于叶尔羌人展开兵力，同时也便于官军发扬火力。
叶尔羌军队比之北虏还是要有韧性的多，所以官军的火力必须要强，足够压制住叶尔羌人才行，对于官军来说，必须要以严密的火力压制住叶尔羌人，才能够取胜，毕竟叶尔羌人在兵力上还是占据优势的，所以官军在火力上必须要压制住叶尔羌人，同时根据官军在夏尔沟和叶尔羌人作战的经验来看，在近距离，叶尔羌的弓箭对于官军还是有一定威胁的，所以官军必须要准备防箭的各种用具，同时控制好和叶尔羌人的距离，尽可能的避免近战肉搏。
同时在阿拉沟口，官军也广泛的埋设地雷，用以阻止叶尔羌人的进逼，官军为了发扬火力，以阿拉沟堡作为官军的防御核心，封锁整个阿拉沟口，虽然官军的士卒们都是卫所兵，但是一众军官们都是久经战阵的老兵了，他们大多是因为年龄大了，在镇协官军中无法提拔，才转入卫所的，他们的战斗经验是十分之丰富的，所以在一众军官们的指挥下，官军加紧构筑工事，迎战叶尔羌军队。
而在交河城，马栋收拢官军各部，在交河城迎战叶尔羌从西南而来的军队，交河作为大明在西域的重要据点，其防御力度自然是很强的，朝廷新建了交河城之后，对于交河的城防还是极为关注的，交河城是按照府城规模建设的，同时也是按照卫所的形式加以建设的，防御对于交河来说是首先要考虑的问题，因为交河是官军重要的粮秣和军器弹药的囤积点，防守严密。
马栋放弃了交河西南的烽燧和边堡，改为派遣尖哨查探叶尔羌的军队的动向，叶尔羌军队也是直接从西南直扑
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