在以皇帝名义对回教加以安抚并且稳定了国内的局面之后，对于回教的限制就开始了，为了防止其势力过分扩张，同时不让回教干预政治，朝廷规定这些回教的所谓长老只能传教布道，不能干涉民间事务，不得掌理民间词讼;废除回教各掌教之名，统称“老师傅”。太祖还拒绝撒马尔罕内徙。有的地方甚至还禁止在元代任高官的穆斯林后人参加科举考试，不许其为官。
更加重要的就是对其民族的同化，为了防止蒙古和色目人日滋繁衍，太祖下令凡蒙古人、色目人，听与中国人为婚姻，不许本类自相嫁娶。违者，杖八十，男女入官为奴，通过这种方式加强对于回教和色目人的管理，削弱其影响力，应该说大明的这个政策是非常成功的，现在大明内地的回教和其他宗教没有任何区别，都服从大明朝廷的管束。
所以太子认为这一套办法是行之有效，可以继续沿用，毕竟现在大明腹地的回教，还是相当之恭顺的，回教同汉文化的相互融合，将回教的基本教规、教义、生活习惯同中国传统的儒家思想结合起来，在信安拉、信天使的同时，也推崇儒家的纲常伦理。如果一个回教穆斯林想要成婚，也会尊重中国传统社会的“父母之命、媒灼之言”，还要遵从本人同意。
朱载坖听了之后没有发表意见，而是询问皇太孙对于此事的意见，皇太孙认为如果要按照太祖、成祖的办法进行的话，就不是一代两代人能够达到的事情，而且西域和大明腹地毕竟是有区别的，这点还是注意的。朱载坖反而同意了皇太孙的意见。
朱载坖不是反对太子的意见，太祖、成祖之法确实是良法，但是太祖成祖之法的实施是要条件的，大明官军当时可谓是威震天下，这点色目人或者是回教势力是不敢轻举妄动的，在这种情况下朝廷才能够顺利的实施各种政策，而且尽管蒙元时期回教和色目人势力庞大，但是也只是相对而言。
在中原毕竟汉人是占据绝对优势的，只要朝廷的政策合适，将之予以同化只不过是时间问题罢了，但是西域则完全不是这样，对于西域来说，这些少数民族在当地占据了人口的绝大部分，官军反而是外来势力，同时最重要的问题就是这些回教势力和大明腹地的回教势力
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