是有本质上的不同。
首先这些地方的回教势力更加原始也更加强大，这和大明腹地是不同的，虽然蒙元时代的回教势力也很强大，但是那只是相对而言，相比于中原的儒释道三家来说，回教势力仍然只是一个很渺小的力量，但是西域则是完全不同的情况了，西域的回教势力已经是相当的强大的。
西域回教势力的强大主要表现在他们已经形成了政教合一的政权，这是朱载坖绝对不能容忍的，天无二日，民无二主，任何宗教都必须匍匐于朝廷之下，这点是朱载坖一再强调的，而显然西域的回教势力已经突破了这些底线，现在即便是官军消灭了叶尔羌汗国这个政权，他们也不会就此罢手的。
这些回教势力已经尝到了权力的滋味，他们怎么可能轻易的放弃，朝廷要在西域建立起大明的统治，就必须摧毁回教在西域的统治，这点是毋庸置疑的，西域的回教势力绝对不会甘心放弃他们对于政权的控制的，在这点上，他们和大明朝廷是根本冲突的。
朱载坖认为，如果大明朝廷放弃在西域直接行使权力，而是放任西域回教势力发展的话，他们一定会反抗大明的统治，同时勾结境外的回教势力，图谋不轨，这点是毋庸置疑的，所以朱载坖的看法是必须首先将西域回教的上层势力全部予以剿灭，对于普通信众，则是可以暂时放过一马的。
为什么朱载坖要实施先北后南的方针，甚至要和卫拉特部达成通贡，许和硕特部以一些利益，一来是朱载坖认为大明直接控制阿尔泰山和额尔齐斯河并不容易，用这些蒙古人作为大明的藩篱反而更好，二来就是先安定了蒙古卫拉特四部，然后以北制南，利用朝廷在天山和西域北部的屯田，支持官军在西域南部的军事行动。
在朱载坖看来，西域南部看似容易解决，但是其中问题的复杂程度是极高的，民族、宗教甚至外国势力都介入其中，所以朝廷必须先以雷霆之势威慑所有觊觎势力，展现大明的实力，这点是最为重要的，所以朱载坖认为，官军在进剿和田等西域南部势力的同时，就是将当地回教势力的上层予以全部消灭，彻底击垮他们妄图搞政教和一政权的想法。
现在和叶尔羌汗国中，黑山派和白山派两支和卓势力，在叶尔羌汗
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