朱载坖对于整个西域的处理办法是先北后南，倒不是因为叶尔羌汗国有多么强大，首先是地理问题，西域的地形北广南狭，具有“北可制南，南不可制北”的地理特点。所以先控制北方，然后从交河出发，直捣喀什等地，更加方便。同时也是根据现实情况所做出的决定。
第一就是南北的军事力量对比，对于大明来说，卫拉特部的威胁显然是更大的，叶尔羌汗国充其量不过有兵五六万，而且内部十分之分裂，对于大明来说威胁远远比不上卫拉特四部，所以朱载坖之前的计划就是先解决卫拉特部，官军才能够放手的收拾西域南部。
朱载坖的第二个考虑就是对于从占领稳固的角度，北部比南部要容易一些，北部主要是蒙古人，他们的民族和宗教都比较单一，而且大部分的蒙古人在大明来了之后肯定是会跟随自己的部落撤走的，这就使得朝廷可以在这里放心的进行屯垦和修筑城池等工作。
但是南方就不一样了，西域的南方人口肯定是比北方多的，但是成分也更加复杂，不光是蒙古人，原来的突厥人、西域当地的少数民族，色目人、畏吾儿人等，民族成分是十分的复杂，而且主要是绿洲农业为主，不仅仅是民族成分极为复杂，还有就是宗教成分也极为复杂。
回教、格鲁派等众多教派都在此地传播，但是在其中占据主导地位仍旧是回教，尤其是在叶尔羌汗国内部，回教对于其政权的影响是极大的，甚至可以说是一个政教合一的政权。
根据锦衣亲军的奏报，叶尔羌汗国是一个信奉伊斯兰教的蒙古王朝。汗国的统治阶级为信仰伊斯兰教的察合台后裔，主要居民则是维吾尔族。汗国的政治体制既带有草原游牧民族的色彩，又吸收借鉴了南疆绿洲政治体系的长处。汗国信奉伊斯兰教，各和卓的势力很大。
速檀赛德曾经想成为一位德尔维希（即托钵僧），投身和卓马黑麻·尤素福的门下，后来及时受劝阻。由此时起，和卓家族兴起。后来分为黑山派和白山派，两派互斗不已，直到亡国。白山派的支持者是哈萨克人，黑山派的支持者是吉尔吉斯人。
白山派在喀什噶尔统治，黑山派在叶尔羌统治。因为后来很多大城市由吉尔吉斯人管理，因此叶尔羌汗国有时被称为
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