载坖对于镇协体制也确实是动了改革的心思，镇协体制原本就是过渡的，朱载坖当时使用镇协体制，主要是为了加强总兵、提督的军事职权，而现在这个目的已经达到了，对于朱载坖来说，镇协体制的弊端已经超过了他所带来的好处，那么就势必要对其进行改革了。
主要就是对于官军军队编制的调整，从防区制向营伍制变更，也就是将防区和军队分开，镇只是一个防区，并非官军的一级编制，同时重要就是统一边镇，现在官军有镇协、有都司、行都司、留守司等官军，他们各自有不同的编制，甚至镇协之间的编制也不统一，朱载坖要做的就是改定编制，统一官军的编制，使得官军更加灵活。
当然首先还是从京营、亲军诸位开始，对于朱载坖来说，首先就是要确定一个官军的基本编制，也就是能够独立遂行任务的体制，官军最大的问题就是两种编制，一种是平时组织训练的编制，另一种是战斗部队的编制。当要组建参战部队时需要打破原编制，将官兵重新组织到新的战斗编制中去。这是极为不利的。