朱载坖面临的首先一个问题就是军户的招募问题，对于朝廷来说，现在面临的主要是两个问题，第一就是补齐现有卫所的军户，使之可以在河西等地屯田，另外一个问题就是怎么防止朝廷的卫所军户部逃亡的问题。
其实现在大明的卫所军户还是相对比较好过的，在朱载坖即位之后，一直采取的就是厚待军户的态度，朱载坖很清楚，军户是大明这个政权能够维持的基础，尽管卫所制度有种种的不合理之处，但是卫所制度有一个极大的优点，就是稳定，这是其他形式所不能比拟的，所以即便是现在大明的野战官军都是镇协官军的脱产军士，但是朱载坖也从未放弃过卫所，一方面就是镇协官军中的绝大部分士卒和军官仍旧是来自于卫所的，另一方面就是卫所仍然是大明军队的最后一道保险。
尽管现在的卫所已经不再承担野战的职能了，但是卫所的军余子弟和旗军仍然要参加部分军事训练，对于他们来说，起码具备一定的战斗力，肯定比临时招募的百姓要强的多，同时他们的可靠性也要强的多，所以朱载坖一直致力于提升这些卫所士卒的待遇，稳定住卫所，而且卫所制度在控制边疆上面有天然的优势，这点是其他的制度所不能够的比拟的。
朱载坖降低了军屯的籽粒征收比例，将军屯和民田的科则统一，同时要求给所有的军户实授土地，不足的部分采取从地方州县官田之中拨给，在东南等实在是没有土地可以拨给的地方，也要将这些军士就近安置到朝廷的各种官营工场中，这样做的目的就是一个，要养活这些卫所军士，尤其是要由朝廷来养活。
其次就是厚待军属，对于脱产士卒的家族，予以减免赋税，分给食盐、口粮等方式，保障士卒的家属生计，保证这些脱产士卒在外征战没有后顾之忧，然后就是对于卫所、镇协军士子弟，在军中和卫所开办学校，免收学费，加强卫所学校的师资力量，支持这些军籍出身的生员参加科举，予以授官，对于这些军籍进士，朱载坖也是相对比较重视的，因为他们和大明朝廷、朱家的关系是最紧密的，所以朱载坖要重视他们。
而在朱载坖的种种政策之下，现在卫所逃亡之风已经得到了制止，朝廷各个卫所是有军
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