那摆在朱载坖君臣面前的也就只有一个办法了，就是军屯，军屯当然也是朝廷在边疆地区屯垦的重要手段，之前朝廷也在河西等地进行了大量的屯垦，由于西北边塞的特殊性，卫所在这里的屯田是以屯堡的形式来实施的，所谓屯堡，是洪武年间就实施的一种办法。
由于西北地广人稀，所以当时的陕西行都司向太祖皇帝上疏：“甘州五卫军士分耕塞上，一伍之中，有远至二百里者，军不成伍，将吏不能朝夕督视，以致军士怠惰，所获不足自食。继今宜令一百户为一屯，以便耕种。”得到了太祖皇帝的准允。
而在成祖时，进一步完善了这种屯垦方式，由于大明在边地屯田经常会受到外敌的侵扰，所以为保护屯种、抵御外敌，成祖皇帝亲自下旨：“宁夏多屯所，虏卒至，恐各屯先受掠，可于四、五屯内择一屯有水草者，四围浚壕，广丈五尺，深如广之半。筑土城约高二丈，开八门，以便出入。旁近四、五屯辎重、粮草，皆集于此。无警，则各居本屯耕牧。有警，则驱牛羊从八门入土城固守，以待援兵。则寇无所掠，此特守屯一事，朕遥计如此，其攻取战守之策，在尔深筹之。”
为了保护官军在西北的屯田，成祖也是煞费苦心，多次向西北的大将们下达诏书，要他们切实保护官军的军屯，成祖认为：“一所之军四散屯种，相去辽远，岂能相及。朕尝命守将于五六屯或四五屯内择取一屯，利便之处聚守，正欲使屯堡相近得以相援，不必分别卫所，可只循此法行之。”
成祖为保护屯种，让在边地修筑屯堡是经过深思熟虑的，并且是从边地的实际情况出发，考虑其可行性与可操作性，而创造出的好方法，而在经过一段时间的实施之后，成祖调整了办法，最终的规定是：“计每小屯五七所，或四五所，择近便地筑一大堡，环以土城，高七八尺或一二丈.，城八门，周以壕堑，阔一丈或四五尺，深与阔等，聚各屯粮当于内，其小屯量存逐日所用粮食，有警即人畜尽入大堡，并力固守。”
在成祖的这些措施下，朝廷一直到弘治朝都还是沿用的这个办法，虽然已经有些松懈了，但是到弘治朝的时候，还是能够继续维持的，等到实物开中被废止了之后，西
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