北的军屯就立即崩溃了，因为离京师比较近的宣府、蓟镇等镇，可以得到京通仓的接济，山西、大同等镇可以依靠山西，虽然山西也并不富裕，但是毕竟比之陕甘还是好一些的，而辽东镇则是有登莱的海运接济，那三边呢？有朝廷的鼓励。
由于实物开中断绝，各边镇尤其是陕西三边物价腾贵，军储不足，再加上从永乐以来的积弊，直接就导致了三边经济的直接破产，虽然在之前，三边等处的屯田已经是弊病丛生了，但是依靠开中物资，还是能够勉强维持的，从永乐之后，朝廷也多次下诏，要求整顿陕甘军屯。
如宪宗朝就下旨道：“尝谓屯田积粟乃经国之远图，寓兵于农，实为治之良法。洪惟圣朝设屯田抚养军士，号令严明，务求实效，是以特令各衙门不妨职委官独管其事，其管屯官员果能遵守法度，提督旗军，迩时布种则军无坐食之费，民免转输之劳，利益且多，军民两便。岂期各卫所管屯官员每每不思，朝廷立法之意，宴安骄惰视为泛常，或私役种自己田亩，或擅离屯所回家，并不用心提督，致田土荒芜，军士缺食，及到比较子粒，往往造册虚报，闻知差官盘查却乃逼令旗军备纳，坏法之弊，非止一端。”
弘治元年，兵部也陈奏：“三边等都司卫所近年以来军士逃亡.，队伍空缺，究其所由，皆因管军官旗不知存恤，百方虐害所致，及差官旗勾取多收财，脱去间有取至军士，又复侵扰，无以生存，遂复逃避。”
而随着开中物资的断绝，各边镇为了保证军事行动的军储，只能加重对于屯田军士的科敛，这些士卒们不堪其扰，只能够逃亡，到弘治十三年统计各边镇士卒，数据已经相当之好看了：“陕西行都司所属卫所原额旗军七万一千九百余人，今止存三万七千五百余人；甘肃各卫原额旗军共七万三千九百四十余人，今见在止四万一千六十余人，余皆逃亡。凡腹里清解到者，多随到随逃，其本处军丁亦惧倒死马或速负粮自为官司考较，逃躲不归。”
到嘉靖八年，兵部尚书王琼清查天下军籍的时候，连陕西三边的数字都不敢明说了，兵部的奏报是：“我之军额完存百无一补而兵不足，屯田满望，十有九荒而食不充一也。甘肃一镇孤悬
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