而除了这些之外，朱载坖比较关心的事情还有倭国的海关，大明和倭国的贸易往来是频繁的，而海关也可以从中榷税，所以倭国的海关也必须由大明予以代管，从中收取关税，由大明和倭国朝廷还有藩主们分配。
对于倭国，朱载坖的看法是很简单的，绝对不能使之在成为中国之祸，所以对于倭国，朱载坖在和重臣们商量了之后总的看法是虽然对外维持大明属国的地位，但是大明要不断的加强对于倭国的控制，使得倭国朝廷和地方的藩主之间互相制衡，同时逐步加强大明对于倭国的控制，用朱载坖的话说就是无害化处理，决不能使得倭国有任何可能威胁到大明。
而在倭国徐渭也在指挥官军征讨丰臣秀吉和德川家康，徐渭首先命令倭国朝廷下达命令晓谕整个倭国，丰臣秀吉和德川家康勾结谋逆，意图取代倭国国王，索幸为大明安东都护府所侦知，天朝提前谋划，使其奸谋未能得逞，大明天兵和忠于倭国朝廷的藩主一道挫败奸谋，将倭国王室暂时安顿于大明安东都护府。
倭国朝廷宣布丰臣秀吉和德川家康为叛逆，已经奏请天兵将其剿灭，凡有胆敢帮助他们的，视为同谋，一体剿灭，将其封地没收，帮助大明天兵和倭国朝廷的，事后还会得到赏赐，予以加封领地等，徐渭的意图很清楚，就是要尽可能的分化瓦解倭国境内的这些大名。
他很清楚，除了丰臣秀吉和德川家康之外，在倭国还有有一些中小大名，他们的态度并不坚决，属于墙头草的情况，谁的势力大就听谁的，徐渭打击的对象主要是像德川家康、丰臣秀吉、毛利辉元这样的有可能对大明构成威胁的大藩主，而对于这些中小藩主，徐渭的态度就是尽可能的对他们予以拉拢，以减少大明收拾这些大藩主所花费的代价。
大量的中小藩主选择了沉默，对于这个结果，徐渭并不意外，首先就是现在倭国朝廷的威望已经不高的，指望倭国国王一直命令就能使得这些大小藩主听命，显然是不太现实的，而且德川家康、丰臣秀吉等人都是在倭国威名素著甚至可以说是凶名赫赫的大名，这些中小藩主既不敢得罪大明，当然也不敢得罪德川家康等人，万一德川家康等人没有被大明所剿灭，到时候不是要
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