除了这些事情之外，科道言官们纷纷上疏，他们上疏的主要目的是认为徐渭在倭国权力过大，要予以限制，他们认为应该将安东都护府的属官予以完善，加强内部制约，这点朱载坖倒是同意的，于是召见了阁部重臣，商量此事。
朱载坖将科道的奏疏给重臣们看过之后说道：“科道所言，倒是确有必要的，诸位怎么看？”
首辅张居正也认为科道的奏疏很有必要，不仅仅是为了限制徐渭的权力，防止日后的都护府藩镇化，也是都护府现在权力结构所决定的，之前的安东都护府，仅仅是大明配置在倭国的一个军镇，主要任务是负责维护大明在倭国的利益，作为大明经略倭国的重要机构。安东都护的主要职责使命是偏向于军务的，但是随着大明深入介入倭国事务，现在安东都护府职能已经不仅仅局限于军务了，而是大明在倭国的重要派出机构。
虽然倭国名义上仍然是大明的属国，但是大明要通过安东都护府对倭国的方方面面予以管理，可以说日后的安东都护府就是大明的一级军政机构，权力相当于总督、巡抚加在一起，不仅仅有专征之权，还要管理地方民政，权力之重，可见一般。所以必须配置相应的属官，以负责大明在倭国的一应事务。
这点无论是朱载坖还是重臣们也都是明白的，所以朱载坖问道：“前唐所设都护府，其结构如何？”
有关这个问题，由新任东阁大学士罗万化负责为朱载坖解释，唐代都护府有大有小，都护府置都护、副都护、长史、司马等职，掌统诸蕃，抚慰征讨，叙功罚过。又置录事参军事、录事、诸曹参军事、参军事等，如州府之职。有大、上、中之分，大都护府由亲王遥领大都护，别置副大都护主府事。
朱载坖认为，安东都护府经略一国，职权自然是不小，要按照大都护府的建制来配置属官，前唐的所有都护府中，级别最高，建制最完善的自然是安西大都护府，是大唐在西域的最高政治军事机构其为维护大唐在西域的主权，都护府有着强大的军事实力，总管西域的军政事务，既是大唐在西域的最高行政机关，又是最高军事指挥机关。其机构完善，官有定员，职有专任，所有军事民政事务都有专门机构负责。
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