奖利玛窦“学有实得，可嘉”，赏赐了些绸缎银两，并允许其继续留居北京，与钦天监“切磋学问”。同时，默许了徐光启、李之藻等人与利玛窦的密切交往，以及《几何原本》**等书的刊印流传。
这是一种典型的万历式平衡术——既承认了西学的价值（满足自己的好奇心和某种“圣主”虚荣），又不过分刺激保守派；既给了利玛窦一线生机和有限的活动空间，又将其牢牢限制在“学术”范畴，严防其宗教传播。
然而，思想的堤坝一旦被事实的洪流冲开一道裂缝，就再也无法回到从前。“西法”的精准，像一颗投入死水潭的石子，激起的涟漪，正在缓慢而不可阻挡地，扩散向这个古老帝国知识体系的各个角落。越来越多的人，开始偷偷阅读利玛窦带来的书籍，开始用新的眼光打量头上的星空和脚下的世界。
利玛窦，这个孤独的“西儒”，在星盘与算珠的无声较量中，用最硬的“理”与“数”，为封闭的中华帝国，撬开了一扇看向外部世界的、布满星辰的窗户。而窗外吹来的风，虽然微弱，却已带着完全不同的气息，开始悄然改变屋内某些人的呼吸与心跳。
几乎在月食对决的尘埃落定之时，一封来自福建巡抚的加急密奏**，被送到了内阁，并很快摆在了万历皇帝的案头。
密奏的内容，并非关于“西夷”的学问，而是关于“海寇”的新动向。
奏疏中禀报，盘踞日本平户、雄踞东海多年的“巨寇”王滶（王直养子），在经过数年内部整合与外部试探后，终于派出了正式的、规格极高的使者团，抵达月港（漳州海澄县，隆庆开关后唯一合法的私人海外贸易港口），向福建巡抚衙门，呈递了“乞求招安，愿率部为朝廷效力，靖清海疆”的“请愿书”。
使者呈上的，不仅仅是言辞恳切（甚至有些狂妄）的文书，更有实实在在的“投名状”：
-倭寇（日本海盗）首级一百七十三颗，声称是王滶部剿灭骚扰闽浙沿海的“真倭”所得。
-被俘的日本关船两艘，朱印船一艘，及船上火炮、兵器若干。
-详细的日本九州诸藩势力分布图、葡萄牙及西班牙在远东的贸易据点与兵力概况（手绘，极为详尽）。
-王滶麾下主要船队、兵力、火炮配置的清
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