虽统一之大帝国，实则幅员之广不及汉唐全盛之半”，将乌斯藏单独划为一国，将拉萨作为其都城。
但随着后来对藏文史料的研究深入，对于元明两代统治乌斯藏的事实，却产生了颠覆性的变化，最典型的便是发现明代永乐皇帝拆分帕竹政权的史料，由此印证明代和乌斯藏并不只是联系薄弱甚至于互相独立的两个政权，而是明代对乌斯藏的政局已经有了深度的影响和直接的干预。
《西藏通史》中就直言“从元末帕竹一家独大、萨迦残余势力远逃思达藏，到永乐时期的七大教王各有分地，并不是西藏本身政治演进的结果，恰恰是明朝中央的主动施政、对帕竹极限施压的成果”，“明初中央的主动施政深刻改造了西藏政局，远非以前认为的那样只是“不熟悉”“没干涉”“只限于承认”。
实际上，随着藏文史料的发掘和深入研究，元明两代对乌斯藏的统治方式也逐渐清晰起来，元代是“郡县土番之地，设官分职”，“领之于帝师，帝师之命，与诏敕并行于西土”，元代在藏区设郡县，但其行政长官并不出自朝廷的中书省，而是由皇帝的宣政院直接任命，地方属官也并不出自朝廷任命，而是郡县长官自己任命。
明初虽然废除了宣政院，但对藏区的统治基本完全继承元代，明初在藏区设置卫所，卫所长官同样也不受朝廷任免，而是由皇帝直接任命，唯一的区别只不过是明代不像元代那样在藏区直接驻军。
当然，封建王朝的通病就是政策延续性差，这种不经过朝野处置管理、建立在中央有大量藏人高层与皇帝直接联系的前提下、皇帝绕过朝廷直接施政的统治，一旦相关的皇帝离世，甚至于只是转变了原本的统治态度，就会带来整体性的认知崩塌和统治割裂，元代中期对藏区的统治就已经十分薄弱，帕竹政权便是在那时崛起，乌斯藏几乎成为了一个独立的国家，明代接手后几乎是白手起家重新建立起一套统治。
但到了明代中后期，对乌斯藏的统治和认知同样也迅速崩塌，皇权衰落后，科举出身的普通文人官员对于西藏非常陌生，对西藏也就越来越视为仅在名义上保持统治即可的遥远属番了，甚至到了明末，朝廷对于乌斯藏的认知，几乎变
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