逐户清查登记造册，十家为一牌，实行连坐。青壮年充作垛夫，每垛5人日夜值守。每10垛置一大灯，用长杆引索挑出城外，防止敌军乘夜间登城。沿街设置岗哨，盘查以防奸细。在城楼前垒高墙，城垛上置箭帘，四门城楼安装红夷大炮。在城垛下堆放石块，并准备钩叉等防止登城的兵器。右副都御史徐从治、登莱巡抚谢琏和总兵杨御蕃等也进入莱州，徐从治素“知兵”，使朱万年感到放心不少。太监翟升巡查莱州，见防御得法，不由得称赞：“都人咸称公之才，以今观之，殆不虚也”。
莱州城门
崇祯五年（1632）二月初三，叛军骑兵5000人，步兵10000余人包围莱州城。这时彭有谟率四川军200人来，有人怀疑有诈不让入城。朱万年说，看他们来时，血战不已，不会是奸人，可以接纳。为保险起见，先安排驻扎瓮城内，看见士兵用头盔煮饭。朱万年“力保无他”，于是让援军登上城墙驻守。彭有谟“有干略，佐守为持久计”。朱万年与徐从治、谢琏和杨御蕃四人分头负责守卫各城门，立誓绝不后退。孔有德命叛军在府城四周扎营进行长期围困，朱万年趁敌不备，经常派敢死队主动出击，扰得敌军日夜不宁，疲于奔命。
生员王占伯的族弟过去曾充军边城，带回来火药罐子，名“万人敌”。愿意献出其制法，结果一试，反而伤了守军主官。众人说他是奸细，要杀他。朱万年急忙阻止，说秀才不曾做过，让他再试一试。第二次还是不行，又伤了人。朱万年又把他保下来，继续试制成功了，击伤叛军甚众。孔有德十分恼怒，命令士兵挖地道入城，朱万年把大缸埋在地下，让盲人听声辨位，灌沸油、熬松香和石灰毙敌兵于坑道内。叛兵见莱州防守坚固，从登州将红夷大炮运来攻城。城墙被轰破后又立即修复，战况极为惨烈。朱万年整天忙于防务，甚至亲自持兵器上阵。有生员在街上遇见朱万年，只见他“穿缎圆领，汗背成黑色。右袖因书写抚物，遂短一块。帽纱与竹胎离而不合”，面容憔悴，便说看老师面目，恐将致病。朱回答说：“吾若自爱，汝辈死矣”，流泪上轿而去。
从二月守到七月，叛军久攻不下。其间大小百余战
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