因为不想和道教混淆，此时，开封犹太社团总人口只剩下鼎盛期的一半。
进入17世纪后，开封犹太社团与外部犹太世界失去联系，陷入孤立状态。1679年由上面提到的赵大官人重修会堂。到了道光二十一年(1841年)，也就是第一次鸦片战争期间，开封再遇水灾，会堂遭难。九年后，开封犹太社团的最后一位犹太教神职人员离世，开封犹太社区自此失传希伯莱语，开封社区的犹太宗教生活和犹太身份识别暂时落下帷幕。
据记载，开封犹太人中甚至出了佛教徒，1866年有一位犹太后裔皈依佛门，法名本道。进入20世纪，上海犹太人试图帮助开封犹太后裔恢复犹太传统，可是冰冻三尺，非一日之寒，当时的开封犹太社区连最基本的割礼习俗也不是在男婴出生八日时执行。尽管还有极少数的开封犹太人解放后保存犹太文化习俗，比如七大姓中的石家在饮食上仍遵守犹太传统的挑筋规定，逾越节时用毛笔沾鸡血涂抹门楣，并用白水煮羊肉祭祀祖先，但大多数开封犹太人对于犹太教基本知识已经一无所知。
整个开封犹太社区在过去的一两百年几乎没有举行任何犹太传统节日活动，而是像汉族一样保持送神日、接神日、中元节、清明扫墓、祭祖等风俗。开封犹太社区的最近的一次逾越节还是在2014年，这也是消亡的开封犹太社区近200年来的第一次逾越节，值得注意的是，这场逾越节盛宴是在外来犹太组织的帮助干预下才得以举行，其中的特色犹太菜也颇有中国风味，其中有豆腐竹笋汤、蒸鱼和大盘的炸蔬菜蘸芥末酱。时至今日，原来犹太会堂所在地已经变为开封市第四人民医院，会堂留下的唯一痕迹便是医院锅炉房里的古井。
中外学界对于开封犹太社区在华衰变有过激烈讨论，至今仍有不少分歧。部分学者认为开封犹太社区在中国社会的消解与开封犹太人的通婚、科举考试、中国宽容的宗教政策、中犹文化相似性等相关。与之不同的是，中国学者张倩红教授认为开封犹太人同化的最根本动力来自犹太社团内部思想观念上的转变，即犹太人对犹太教信仰的逐步淡化和对儒教的深层次认同，并认为犹太教的儒化过程正是开封
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