嘉庆本人碌碌无为，其远不及他的祖上先辈，在他的在位期间，国内农民起义不断。
嘉庆元年，川楚陕边境地区爆发了白莲教起义，后波及川、楚、陕、豫、甘等省，历时九载。白莲教起义军在历时九年多的战斗中，占据或攻破州县达二百零四个，抗击了满清政府从十六个省征调来的大批军队，歼灭了大量清军，击毙副将以下将弁四百余名，提镇等一、二品大员二十余名，满清政府耗费军费二亿两，相当于四年的财政收入。这次起义使满清元气大伤，此后满清的统治逐渐走向衰落。
康熙中叶，满清政府加剧对民众的压榨，迫使东南沿海广大民众下海谋生。
乾隆五十九年至嘉庆十五年(1794～1810)，东南沿海爆发了蔡牵在福建、浙江、广东沿海聚众反抗满清统治的武装斗争。
乾隆五十九年，福建同安人蔡牵率领福建泉州、漳州一带沿海破产渔民及无业民众，在海上劫商自救，后以闽浙沿海为基地抗清。嘉庆七年(1802)，率船队攻厦门海口的大、小担山，500余众登岸，夺炮13门。清廷命浙江水师提督李长庚赴闽造大舰30艘，铸炮400余门往攻。次年初，蔡牵在浙江普陀海面遭李长庚袭击，败退福建海面，仅余船24艘，处境不利，遂向闽浙总督玉德诈降，又用厚金贿赂闽商更造巨艇，恢复作战能力。九年夏，移屯台湾海面，集大船80艘，突入福建海面，击杀温州总兵胡振声，焚其战船26艘。清廷命李长庚率闽浙水师往攻，在浙江海面击败蔡牵。十年冬，蔡牵欲取台湾建立据点，聚战船百余艘，先攻占台湾淡水、凤山(今高雄)等地，得当地民众支持，队伍发展至2万余人。蔡牵被推为镇海王，率众包围台湾府城。清廷急调广州将军赛冲阿为钦差大臣赴台督办军务，命李长庚率水师3000渡海入台镇压义军。蔡牵沉舟鹿耳门港，阻滞清军舰船。十一年初，李长庚分路围堵鹿耳门及其附近港口，阻止义军突围。蔡牵趁海潮骤涨、沉舟漂起之际，夺航路突围至闽、浙海面。十二年底，在广东黑水外洋迎战李长庚及福建水师提督张见升，受挫后仅剩大船三艘、小船十余艘。清军乘胜追击，并以火攻船挂住蔡牵座
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