负责弹压土司，改土归流之事，将云南从中南总督的辖区中剥离开来。
而中南总督的辖区调整为缅甸布政使司、暹罗、占城、安南都统司、满剌加国、满剌加外府，主要负责经略整个中南半岛和与两广总督一道经略南洋和安南，这样的话，云贵总督成为内地，主要负责土司和改土归流的相关事宜，中南总督则是边镇，负责管理缅甸和大明在中南半岛上的这些属官、外府等，成为大明经略南洋的重要据点。
除此之外，由于河套已经收复，为了巩固朝廷在河套的控制，决定设立宁夏巡抚，专门负责朝廷在宁夏诸卫和河套地区的屯田、兵防等事情，使得宁夏成为朝廷日后西征的重要支点。
对于总督、巡抚以及相应的兵防体系予以重新调整之后，朱载坖命令在整个大明实施大规模的普查，这次的普查主要针对的是官府，朱载坖和内阁要求各督抚、提督、总兵以及州县官员，对于大明所有官吏、书手、皂吏和官军士卒予以统计，得知朝廷现在有多少官吏、多少士卒。