地位相对上升，为了加强朝廷对于闽浙两地的控制，经略夷洲，朱载坖决定设立闽浙总督，以右都御史兼兵部尚书总督福建、浙江、夷洲等处地方提督水陆军务、粮饷、管理河道。
经过梳理之后，朝廷在东南理顺了行政层级，最高的军政官员自然是督师南京大学士，这是朝廷设置在东南的最高军政长官，是内阁的外差，直接负责朝廷在东南的一应战守之策，是朝廷的方面大员。
在督师南京大学士之下，就是总督、巡抚等方面之臣和朝廷的专门重臣了，对督师南京大学士负责有闽浙总督、提督操江都御史、东南发运使、凤阳巡抚、苏松巡抚、浙江巡抚、福建巡抚，当然和这些高级文官一道调整的还有朝廷在此地的兵防军事系统。
朱载坖在和练兵军务处、五军都督府、兵部商量之后，重新调整了朝廷在整个东南的兵防体系，按照新调整的东南兵防体系，朝廷在东南共设立中都留守司、南都留守司、浙江都司、福建都司四个都司级衙门，负责整个东南的卫所及班操京军的管理。
而在东南的镇协官军，则是由南京守备所统帅的南京京营、苏松镇总兵、凤阳镇总兵、浙江镇总兵、福建镇总兵、提督操江军务、东海水师、苏松镇水师、浙江镇水师、福建朕水师所组成，朝廷在东南一共有最高的军官则是南京守备，负责整个东南的兵防。
在南京守备之下，则是四位提督，提督操江军务总兵官，负责江防和水路运输；提督东海水师军务事总兵官，负责东海的远洋防卫；提督南直水路军务事总兵官，下辖苏松镇总兵、凤阳镇总兵和苏松水师总兵，负责整个南直隶的水陆防卫；提督闽浙水陆军务事总兵官，下辖浙江镇总兵、浙江水师总兵、福建镇总兵、福建水师总兵，负责整个闽浙的水陆防卫。
除了在东南理顺朝廷的行政和兵防体系之外，张居正还奏请对于西南，缅甸等地的行政、兵防体系予以调整，因为这些地方土司、蛮夷众多，再加上缅甸是新开辟的疆土，张居正认为，要重新调整缅甸、云南、贵州的行政与兵防体系，以适应形势的变化。
云南、贵州土司众多，地形复杂，为了日后朝廷的改土归流能够顺利实施，应当设立云贵总督，专门
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