朱载坖认为，巡抚作为一省直长官，当然是要在辖区内拥有绝对的权威了，否则不足以领导布按二司和相关的府州县，但是巡抚的权威不能够和朝廷的威严相抵触，部院是肯定有权力直接指挥地方的布按二司干活，这点巡抚不能够超越部院的权威，巡抚们必须明白一个问题，就是巡抚们本质上是朝廷派往地方的高级言官，虽然现在朝廷已经将督抚作为一种定制了，但是部院的权威仍然是不容挑战的。
这点也得到了内阁和部院重臣的支持，对于他们而言，最担心的就是出现内重外轻的局面，这样的局面对于朝廷是极为不利的，这些重臣们的看法也是认为应当要保证朝廷的权威，巡抚在地方政务中主要起到监察和督促的作用，领导布按二司切实执行朝廷的命令，作为朝廷派遣的高级言官和部院重臣，为朝廷监察地方官员的行政。
在这个意图下设立巡抚衙门的架构和属官、属吏，而总督的职权则更加倾向于军务，一般是不负责管理地方的行政事务的，所以总督衙署的属官、属吏设置还是要围绕军务和边防设立，至于具体应该怎么设立，朱载坖交由内阁和部院商量此事。
而现在朝廷之中还有更大的事情要处理，就是原督师南京武英殿大学士张四维服丧守制，现在要派遣一位大学士坐镇南京，以督促朝廷的各项政策推行，但是朱载坖却找不到一个人选出镇南京，现在内阁就四个人，首辅张居正，次辅潘晟、阁臣申时行和余有丁一共四人。
张居正作为首辅，自然是不能够出镇南京的，而潘晟是浙江新昌人，申时行是南直隶苏州府人，余有丁是浙江鄞县人，他们都是东南出身，按照大明任官的回避政策，是应该要回避的，这就造成了现在内阁无人可派，必须要增补阁臣才行。
对于张四维的丁忧，最轻松的自然是首辅张居正了，张四维这一去，至少是三年之内无法回朝了，就对张居正无法构成任何威胁了，现在督师大学士出缺，张居正请求朱载坖廷推阁臣。
但是朝廷内部也有不同的看法，有些人认为督师大学士原本就是权宜之计，现在朝廷安稳，东南又没有战事，再设立督师大学士已经没有必要了，督抚以及州县完全可以将东南治理好，对于
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