朱载坖认为，要由朝廷来确定总督、巡抚衙门的的内设机构和执掌，同时派遣朝廷官员和经制吏员到督抚的衙署中，同时总督和巡抚各有侧重。
巡抚的主要职责是安定地方，协调布按等地方衙门办公，在战时保证军储、军需，在必要时候指挥卫所官军负责城防、边防等事项，总的来说巡抚的职权是负责地方行政、司法和监察事务的高级文官，负责对于辖区的政务、钱粮、刑名、边防等进行管理，仅仅赋予有限的军事权力。
而总督则是倾向于军务的官员，总督负责总领辖区军务，统帅辖区内水陆官军，制定战守征伐之策，平时负责督促水陆官军训练，监察各级军官是否称职，各路官军军器装备是否完好，督运军饷、军粮等事，在战时，总督负责与提督一道制定战守之策，负责战役策划，提督、总兵负责具体实施，同时在战时总督总管辖区事务，督促巡抚等官员转运粮饷，供应军需，检查军功，执行朝廷的命令。
总的来说，巡抚负责行政、后勤，而总督则专注于军务，在战时则是地方最高长官，但是在平时一般不干涉巡抚行政。
朱载坖和重臣们之所以做这个安排，其实也是为了平衡督抚之间的关系，之前大明的督抚经常有互相攻讦的事情，原因就是督抚之间的职权重叠，为了争夺权力，往往互相倾轧。
按照朝廷的设置，总督负责地方军事，而巡抚则专管民政，两者职权存在重叠。这制度初衷是为了防止地方官员自重，避免他们成为“土皇帝”。然而，由于职权交叉，总督与巡抚之间常常摩擦不断，引发官员内斗的风险。
朱载坖在和重臣们商量了之后认为，还是要在督抚之间搞平衡，虽然朝廷要尽可能的厘清督抚之间的权责，但是同时也要使得督抚之间大小相制，内外相维，互相之间形成制约，而在战时，又必须要保证总督的绝对权威，保证战事的顺利进行。
所以经过朱载坖和重臣们的商量，决定巡抚的职权主要是宣布德意，抚安齐民，修明政刑，兴革利弊，考核群吏，会总督以昭废置，而总督的职权是厘治军民，综制文武，察举官吏，修饰封疆，以定战守。
虽然总督和巡抚都是地方大员，而且总督和巡抚同时具备单独奏
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