表的权力，在处理地方事务时，既各有侧重即权力分置，又在很多层面上有交叉和协作即权力重叠，只有这样的办法，才能够保证这种权力格局在实际运行中既造成督抚之间的掣肘之势，又能够有效的处理政务军务，保证行政效率，也要兼顾制衡。
以这个思维为主导，朱载坖要求重臣们制定督抚衙门的架构和内设官员，主要的问题就是既要保证督抚们拥有足够的权力，以统帅大军，安定地方，又要防止地方出现藩镇化的倾向，所以在这个制度下，督抚之争是必然的，但是又必须是可控的。
首先要进行规划的就是巡抚衙门的设置，作为一省的最高长官，巡抚衙门当然是最重要的机构了，巡抚衙门要总览一省的大小庶务，同时还承担着监察通省官员的重任，所以对于巡抚衙门的重要性，朱载坖是很清楚了，之前直接按照朝廷六部设立六房的办法确实是有一些合理性，但是这样并不能够体现巡抚的重要性。
要想规划巡抚衙门的下属衙门和属官，就要先理清朝廷各部院和巡抚的关系，因为在实际的政务处理过程中，巡抚和部院发生冲突龃龉的事情是很多的，首辅张居正就说道：“陛下，夫各部用其权，以裁制督抚，若不量地方之情势，则善政几不得举行;督抚张其权，而轻视各部，又破坏一部之机关，而政令几同于虚设;彼此之姐龋尚小，而事机之贻误实多。”
这点确实是朱载坖要考虑的事情，张居正认为：“诚宜明定职权，划分限制，以某项属之各部，虽疆吏亦必奉行;以某项属之督抚，虽部臣不能掺越;如此则部臣疆吏于其权限内应行之事，无所用其推诱，于其权限外侵秩之事，无所施其阻挠，庶政策不致分歧，而精神自能统一矣。”
张居正的这个观点，确实是能够解决部分问题，使得部院和巡抚的矛盾减少，但是部院和巡抚还有一个重要的矛盾，就是对于地方监司的管理问题，部院一般是不会干预地方府州县行政的，但是部院常常绕过巡抚直接给地方监司下达命令，这确实是激化巡抚和部院矛盾的一件事情。
因为在部院看来，巡抚并不是朝廷经制之官，而是钦差，真正朝廷的经制之官，是布按两司，部院往往直接绕过巡抚下令
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