由大量的少数民族，所以朱载坖命令设置钦差总理青海蒙古番子事务大臣，管理蒙古族、藏族事务，以兵部尚书衔坐镇，专门负责处理青海事务，要选用精通军务的重臣，经首辅张居正推荐，调原南京兵部左侍郎曾省吾加兵部尚书衔钦差总理青海蒙古番子事务大臣兼总督青海军务督理粮饷，驻节西宁。
在朱载坖处理青海善后事务的时候，提督蓟辽军务黑春也统帅官军与土默特部、女真诸部的联军，征讨土蛮，图们汗见势不妙立即北撤，官军追逐五百余里，斩首四百七十级，大胜而归，朱载坖命令赏赐参战的各蒙古部落首领和女真酋长们，同时再次从女真征兵调往安东都护府，以增强徐渭的实力。
而在征讨图们汗的过程中，黑春获得了一些有关土蛮部的信息，使得朱载坖对于图们汗有些警惕了，按照黑春的奏报，图们汗对蒙古社会实行多年的纳贡兼摊派的赋税徭役制度进行了改革，决定向归附土蛮部的女真部珠尔奇特、额里古特、达吉忽尔（达斡尔）三个部落征收赋税。
还在辽东地区征召汉族农民种地，解决粮食问题。汗廷还颁布了《图们汗法典》，其内容广泛：一、使者、官差事；二、出征、战阵事；三、追捕、逃亡事；四、打架、斗殴、人身伤害、人命事；五、婚姻嫁娶、治奸事；六、埋葬、治盗事；七、遗产分配、财产继承事；八、牧养、涉猎事；九、诺延与平民关系事；十、敬上、禁忌事；十一、听讼、判刑事；十二、证人、设誓、服法事；等等。这是继《成吉思汗大法典》后的又一部重要的法律文件，对规范土蛮部蒙古社会的行为准则和稳定社会秩序起到了重要的作用。法典颁布后，下达蒙古各部遵照执行。
朱载坖认为，这说明图们汗其志不小，要予以严加征讨才行，朱载坖立即命令提督蓟辽军务黑春和辽东总兵严绍庭，对于投靠土蛮部的女真部落，要予以严厉打击，大明绝对不会放任这些事情发生，对于这些女真部落，要予以严厉打击，防止其作乱，同时加强对于土蛮部的情报收集，囤积粮秣，准备大举征讨土蛮。
而奉命与佛郎机谈判的钦差正副使严世蕃、王直也已经赶到了广州，首先了解的相关的情况，同时尼德兰
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