除此之外，就是对于土司兵力的控制，这次的平播之战，使朱载坖对于这些西南土司的兵力有了新的认识，这些西南土司们手中握有的兵力是十分雄厚的，虽然大部分的土司忠诚于大明，但是朱载坖和重臣们认为，这始终是一个隐患，这些土司们大者数万，小者百千，拥兵自重，莫此为甚。
朱载坖认为，这些土司的兵力过于雄厚，对于朝廷来说不是什么好事，朝廷要及早想办法处理此事，经过一番商量之后，朱载坖决定，设立土司总兵官，以石柱宣慰使马斗斛为总兵，调川、黔、滇三省土司兵八万，赴缅甸协助官军镇压当地蛮夷，听提督中南军务刘显指挥。
八万这个数字也是经过缜密计算的，这些朝廷平播，动用土兵十七万，考虑到这些土司不可能用尽全力，所以整个西南土司的兵力肯定是大大超过二十万的，从中抽调八万，并不算伤筋动骨，对于这些土司们也能够接受，同时抽调的对象也很有讲究，中小土司不必出兵，朝廷也不需要他们这百十人的兵力。
主要是针对拥兵五千以上的土司，按照所拥有的兵力予以抽调，在缅甸作战期间，按照官军士卒的待遇予以保障，发给军饷，同时任何其中的土司为各级将领，节制这些土兵，这样一来，主要是为了平衡西南地区官军与土兵的实力对比，保证官军始终占据优势，同时将这些土兵中的精壮之士为朝廷所用。
他们吃朝廷的粮，领朝廷的饷，假以时日，未必愿意继续为这些土司卖命，朱载坖认为，除了改土归流河分土世官之外，还有一个办法就是迁移土司，这些土司虽然由部分是不恭顺的，但是毕竟是熟夷，比之缅甸的这些生夷肯定是要好很多的，所以朱载坖的想法是通过调土司兵赴缅甸作战，逐步将一些恭顺于大明的土司从内地调往缅甸，配合朝廷打击当地不恭顺的土司。
和重臣们商量完了此事之后，朱载坖命令将朝廷的命令以急递的形式发往川、黔，命令赵锦、沐昌祚等人立即办理，所调八万土司兵，务必于隆庆十六年春调入缅甸。
朱载坖刚刚处理完这些事情，冯保来报，原兵部尚书、总督蓟辽军务谭纶病逝，朱载坖立即命令礼部商量恤典，隆重操办，同时遣太子朱翊釴代朱载坖致哀，对
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