同时对于贵州的战后重建，赵锦也提出了相应的办法，首先就是要建卫所、屯田、留将领、选官员，以镇压叛乱安定地方，在播州设立遵义、平越两卫，同时设立遵义兵备道，负责原来播州地区的防务、兵备等事宜。
在播州故地实行改土归流，最重要的就是要实行清丈田亩和朝廷的赋役之法，赵锦在奏疏中称：“责成新道府深率州县官,插定疆界，沿丘履亩逐一丈量，分为等则造册呈报，以定赋法。丈量完后，免两年科税，田赋中，一年夏秋二税、银力二差、杂费具因收齐外，其余费用充作布政司边饷。限田制，播州旧民，除原土地外，另给田亩三十，上中下田掺给。荒田，招民承种，纳粮当差。杨应龙等人的官田收入官府。”
将杨应龙等人逆犯的田产作为赏赐给有功将士的奖励，征播将士，愿意留在平越、遵义两卫的，每人给田五十亩，免征五年，充实遵义、平越两府的人口。
对于川、黔之争，赵锦支持贵州，赵锦认为贵州在川、滇、黔三省之中最为弱小，必须要予以扶持，至于叶梦熊所称的贵州穷困等问题，可以由朝廷拨款支持，朝廷既然要在贵州实行改土归流和分土世官，就应该加强贵州的实力，同时对于未来的改土归流和分土世官，赵锦也做了详细的规划。
赵锦认为，贵州、四川、云南应当各有侧重，贵州的重点是对水东、水西的土司予以管束，而四川则是对于乌斯藏的土司予以控制，云南主要是要保障和缅甸的联系以及各处铜矿的开采并且控制水路交通，三省各有侧重，视其情况进行改土归流或者分土世官。
赵锦的奏疏中还提到了另外一件事情，就是为了防止这个土司再次作乱，朝廷应该在贵州恢复驿站、兴修道路，赵锦在奏疏中说道：“兹者地方底定,道路大通,驿站之设,势不容已。”
还有一件重要的事情，除了军事征服以外，还要加强文教，以教化百姓，防止降而复叛，保证地方的安定，赵锦恳请朱载坖支持贵州的文教建设，赵锦在奏疏中说道：“令干戈既戢,文教宜先。第新遭大兵,不惟士人废沮,抑亦物力未赢,若纷纷建设,徒以恣虚费之窦,开奔冒之门,于宏文雅化无当也。今照府治纲纪,诸邑实为
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