正印官、佐贰官、首领官在一个衙门中互相拆台，正印官仗着自己是科甲出身，往往是看不起这些佐贰官、首领官，从心眼里就不把他们当人看，而这些首领官、佐贰官都是在衙门中混了一辈子的老油条，自然不会给这些正印好脸色，比较普遍的就是佐贰官、首领官上下一气，直接将正印架空，而正印官就通过聘请师爷们来反制佐贰官和首领官，整个衙门首先自己就斗的不可开交，还怎么帮朝廷控制地方。
而在朝廷内部，斗争也是一样的激烈，在朝廷中，主要是清流、浊流的斗争，所谓清流，就是科道和翰林院，而所谓的浊流自然就是其他的部院衙门，清流浊流之争，在大明是很正常的事情了，清流看不起浊流，认为他们从事工作不如自己清贵，每日里不是刑名钱谷就是士卒军务，浊流官员们自然也看不起清流，认为他们不过是些夸夸其谈的人罢了。
看起来这些问题都是早就存在的问题，但是朱载坖认为，这些事情都是大事，反映了大明在选官制度上的各种缺失，朱载坖决心要将这些情况予以改善。
所以朱载坖召见了首辅张居正和吏部尚书张瀚，提出了自己的要求，第一就是加大对于新科进士的教育，改变进士授官制度，即便是进士出身，也不能够直接就外放正印，必须要有一定的行政经验之后才能够担任正印官，而且对于举人、吏员出身的官员，只要考绩优良，也要大胆提拔为正印官，不能拘泥于出身，唯才是举，德才兼备才是大明的选官之法。
不管是科甲出身还是吏员出身的官员，在朱载坖这里都是一视同仁，只要能够为朝廷办事，就要大胆提拔。吏部要完善官员的选任制度，不能以出身定前途，而是要以考绩定升迁，能够帮朝廷控制地方，发展经济的官员，不管其什么出身，都要予以提拔。
还有就是对于翰林官的选任制度进行改革，翰林院乃是大明的储才之地，这些翰林官们不但承担着皇帝各种诏书文书的起草、皇子的教育，还有国史编撰等工作，其中的一批人最终还会入阁，成为大明的内阁辅臣，领袖群臣，朱载坖对于翰林院自然是不敢掉以轻心。
朱载坖的想法很简单，就是打破清流、浊流之分，不管是六部司官还
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