一次处决这么多的官吏，这在太祖、成祖之后还是第一次，很多官员都认为朱载坖这次处置这些官员有些过于严厉了，但是朱载坖认为这还远远不够。
这些运司官吏，和囤户勾结，给朝廷造成的损失何止千万，况且关系到军储，朱载坖绝不可能放过他们。而且在这次两淮盐引案中，朱载坖还改动了大明惩治贪墨的办法，之前的追赃，也就是止于抄家，抄家之后，贪墨的官员得以惩处，不管他之前侵吞了多少国帑，此事也就作罢。
使得很多官吏转移、隐匿财产，搞牺牲我一个，幸福全家人的操作，甚至在出现大规模贪墨案件的时候，往往用一个低级官员来顶缸，好掩护与此案相关的其他官员。
朱载坖要求赵文华、陆绎等人严厉追赃，对于即使是抄没家产也不能抵偿他们贪墨国帑的这些罪犯，除了将本人加一档量刑之外，还要将罪犯家属充作苦役，充军偏远卫所，直到追平贪墨的国帑为止，朱载坖对于这些贪官污吏是没有任何好感的。
而赵文华在接到朱载坖的上谕之后，也立即安排行刑，在南京、扬州、淮安三地处决涉案的囤户和官吏，一次处决这么多官吏，使得整个东南官场为之一震。
当然缺少的官吏也还是要补上的，朱载坖令吏部慎择官员，而最重要的就是这些小吏了，朱载坖命令仿效在苏松等地试行的小吏招考制度，从国子监算学已经有秀才功名的人中考试选取，盐运、海关、钞关等要害衙门的小吏由吏部直接任命，按期轮换，不允许再出现小吏世代承袭的事情。
解决完这些事情之后，总理盐政户部左侍郎王国光、协理盐政右佥都御史庞尚鹏随即在两淮等主要的盐司推行新政，正盐全部用于开中召商运粮，余盐以纳银的形式支给，同时调整了正盐、余盐的盐引数量，厉行恤灶，盐运司用本色米麦或者折色银收购灶户手中的余盐。
而对于私盐的查禁也要比之以往更加严格，除了盐运司麾下的缉私兵马有查禁私盐的责任之外，户部各钞关也要负责查缉私盐，对于地方州县查禁私盐不利的，朱载坖允许总理盐政、协理盐政具奏弹劾，计入官员的考成。
随着两淮盐引案的落幕，隆庆朝的盐政改革才刚刚拉开大幕，之前巡察
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