，即便是锦衣亲军的调查，也证明李廷机确实没有贪赃枉法的行为，但是朱载坖认为，李廷机一样贪，他只不过贪的不是钱财罢了，他贪图的是名声，权力这些，要不然他也不会坦然接受这些树碑建祠之事的，所以从这点来说，朱载坖认为李廷机并不无辜。
这次朱载坖摆明了是要杀鸡儆猴的，李廷机这只鸡大小就正好差不多，以品级职务算，正三品的南京吏部左侍郎署部事不算小了，可以震慑官员，而且李廷机不过是南京的部堂，即便是处置，影响也在可控的范围之内。
不过太子也是要安抚的，朱载坖对太子说道：“你也不必担心，留待你做皇帝的时候再用他吧！”
太子赶紧拜谢，朱载坖这话的意思是很明确了，就是不会下重手了，那太子的目的就达到了，朱载坖的御批到了内阁之后，内阁辅臣们都明白了朱载坖的意思，这次必然是要有人被重处了，李廷机很明显就是被拉出来的那只鸡了，所以王锡爵也赶紧拟票，要求严查此案。
朱载坖也御批要求都察院派遣钦差，查察此事，同时提李廷机于都察院狱中暂押候审。
除了李廷机一案之外，山西户部司官案，也是现在比较重要的事情，和李廷机案的大张旗鼓不同，此案朱载坖采取了秘密查察的方式，遣成国公、锦衣亲军都指挥同知朱应桢加军机大臣衔，巡视山西边防、整饬兵备，赐天子剑许便宜行事。
朱载坖派遣成国公朱应桢出巡，明里是整饬兵备，实则是查察要案，因为山西户部司官案，所牵涉的官员众多，而且对于朝廷来说，山西有大量的军储仓库，朝廷必须要小心谨慎，防范他们狗急跳墙，所以朱载坖派遣朱应桢先密查之后再再做决断。
在这些时间里，朱载坖主要是和内阁商量规范抚按官制度，这也是大明地方官制中的一大弊端，大明原本在地方实施的是三司分治制度，也就是布政使司、按察使司和都指挥使使司分掌民政、刑名、军事的制度。但是很快朝廷就发现，地方政务需要有一定的集中处理权，完全撤销省级行政部门和职官，并不符合政务的需要。但是当这些官员拥有总管一方的权力以后，又会导致主官权力膨胀，形成藩镇，乃至于失控。
所以朝廷实施巡抚与巡按并列的制
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