内阁与科道大员在举行会揖，商量有关京察大计的事情时，朱载坖也在和太子商量此事，涉及到京察大计，对于朝廷来说都是极为重要的事情，内阁自然要与科道、吏部详细加以商量，而朱载坖父子则是要商量大明需要一个什么样的内阁和朝廷，这是父子两人最关心的。
朱载坖问道：“外间对于内阁，可有什么议论啊？”
太子说道：“外间所言，多以父皇放纵内阁，称太祖罢中书省而设六部，惟恐其权不散，严分宜以来，内阁合六部而揽之，惟恐其权之不聚。散则互钤，权臣不得行其私，国家之利也；聚则独制，各人不得守其职，权臣之利也。”
朱载坖听了之后，只是冷笑一声，并没有说话，对于这些官员的看法，朱载坖不是不清楚，他们的想法是很简单的，就是现在内阁的权力过大，使得部院都为之趋使，他们自然是不干的。
其中这种现象从嘉靖以来就出现了，在嘉靖年间，主要是首辅的权势得到了极大的增加，张璁、夏言、严嵩这三位猛人，内有嘉靖的信任，外有自己的党羽，自然是在朝廷上无往而不利，颐指百僚，无敢与抗者，次辅、阁臣，在这些猛人们眼中，和小妾也没什么区别。
此时的内阁，主要是首辅集权专票，形成了所谓的宫府一体的情况，这些阁臣们在皇帝的支持和信任之下，可以推动自己的政策，对于部院行政，直接予以干涉，根本不把部院大臣当人看，很多官员对此是极为不满的，他们认为这些首辅是“广布爪牙，要结近侍，是以阁臣而假天子之威福者也。”
在朱载坖即位之后，则是采取了另外一种措施，就是对于首辅专票之权予以分割，但是同时提高内阁作为专门辅弼皇帝的衙门的地位，将内阁从翰林院中独立出来，成为在品级上都超越其他部院的从一品衙门，确立起了内阁在大明政治体系中的决策机关的地位。
在朱载坖的改革之后，军机处和内阁分掌军政，同为从一品衙门，皆隶属于皇帝，内阁整体的地位自然是大幅度的提升了，但是相应的朱载坖也对于首辅的权力做了限制，其实从张居正等人去任之后，继任的首辅也没有他们的魄力了。
申时行性格温和，同时长袖善舞，在朱载坖的命令之下实施了分票制
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