所以叶向高认为，在此次部院和内阁的斗争之中，重点是都察院，都察院对于此事的反应确实是极为强烈的，因为都察院在京察大计中的权力没有法令予以保障，始终存在的不稳定性。
都察院的参劾、拾遗等事项，毕竟是要经过吏部才能够形成黜陟官员的命令，所以在京察之中，都察院的作用大小其实很大程度上取决于吏部是否采纳都察院和吏科的意见，所以科道对于内阁的介入自然是极为反感的，因为吏部本身就对都察院构成了很大的制约。
要是内阁在介入到京察大计中来，科道的话语权将会进一步的降低，因为现在内阁本来就是强势机关，连吏部都要在很多事情上听内阁的命令，一旦当科道的意见和内阁的意见发生冲突的话，吏部听谁的其实是一个不言而喻的事情，毕竟现在内阁的权力是远远高于科道的。
所以叶向高认为，要想平息此事，主要是在科道，而解决科道对于此事的反弹，重点就是要明确科道在京察当中所扮演的角色和权力的划分，这点是一个极为重要的事情。
朱载坖对于叶向高的这个思路还是很赞同的，科道是大明朝廷重要的监察机关，朱载坖认为，科道必须有相当的权力才能够履行在京察和大计中的监察职务，所以此事的重点是既要保障科道在京察大计中有效的履行监察职务，同时也要给科道的权力行使划定界限。
这点是极为重要的事情，朱载坖御极三十年以来，对于科道的态度是经历的大的转变的，朱载坖即位之初，对于科道采取了极为严厉的政策，严厉打击科道言官，不许科道出位妄言，主要是因为当时在徐阶的纵容之下，科道已经是非常之猖狂了，科道言官甚至能够影响内阁的决策，这是朱载坖所绝对不能允许的。
所以在当时，朱载坖对于科道采取了严厉的抑制态度，因为当时朱载坖准备大刀阔斧的进行改革，而在这种情况下，朝廷必然是要求团结一致，排除一切的杂音，所以朱载坖严厉制止了科道，但是随着改革和新政的推行，尤其是开海之后，朝廷的财政得以好转之后，吏治就成为了大明朝廷最重要的事情。
为了整顿吏治，保障朝廷的行政效率，朱载坖必须依靠科道等监察机构，所以在改革之后，朱载坖
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