对于朱载坖的吩咐，朱翊釴当然是要执行的，但是这还是朱翊釴第一次对于两省的具体政务加以安排，同时朱翊釴也很清楚，此事恐怕很难善了，不仅仅是大量的官员可能因为此事会丢掉乌纱，更加重要的就是很有可能因此引发民变的，所以太子对于此事还是有些忐忑的。
对于太子的想法，朱载坖当然清楚，但是朱载坖放下这些奏疏说道：“这些事情，你们去办，朕的事多。朕要把精力放在军事上。”
朱载坖倒不是和朱翊釴说笑的，现在朱载坖的精力本来就大不如前，所以很多日常政务朱载坖都是交给太子处理的，而现在朱载坖最关心的就只有一件事情，也就是西域的战事，在隆庆二十七年开春之后，西域的战报终于送达，李成梁冒着风雪挺进伊犁河谷，并且将准噶尔部予以击败，生擒哈喇忽剌，这一份战绩确实是对得起李成梁的名将之名。
同时现在李成梁的情况也并不乐观，和蒙古人对峙了整个冬季，李成梁所统帅的官军虽然依靠准噶尔部的汗帐据守，多次挫败蒙古人的进攻企图，但是自身伤亡也极为严重，李成梁八千精骑出发，现在仅剩不到五千骑，而且粮秣物资等基本殆尽，亟待补给。
和李成梁的报捷文书一起来的是西域总督吴兑的奏疏，吴兑当然知道现在李成梁的情况危急，所以在李成梁和吴兑取得联系之后，吴兑就组织西域各卫所和驻军一共一万五千人，携带粮秣等物资前往驰援李成梁，同时增强李成梁部的实力，将准噶尔部彻底从伊犁河谷地带赶走。
同时李成梁还向朱载坖上疏，认为准噶尔部汗帐所在之处，地理位置十分之重要，李成梁请求在这里修筑城池，设立卫所加以守备，控制整个伊犁河谷地带，这点也得到了朱载坖的赞同，朱载坖也认同了李成梁的这个看法，命令在准噶尔部汗帐所在地修筑城池，设立卫所，朱载坖亲自赐名伊宁卫，去伊犁安定之意，同时在此地迁移卫所军士，屯垦戍边。
而吴兑则是向朱载坖上疏请求接济粮秣等物资，朝廷在西域的屯田才刚刚开始，所获不多，现在必须要朝廷加以支援才行，所以吴兑请求朝廷再度向轮台等地转运粮秣，同时将储存于交河等地，原本用来准备给今年征讨西域南部大军
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