朱载坖对于这种以私函处理政务的形式早就有所不满的，之前是为了加强朝廷对于新政的推动，朱载坖对于内阁以私函处理政务采取了容忍的态度的，而从嘉靖以来，内阁权力扩张已经是不争的事实了，张璁、夏言、严嵩、高拱、张居正等一众强势首辅。他们在朝廷中枢不仅享有“专决、专票拟、专应对”的政治特权，同时还取得了近似于前代宰相的权力，这点是从嘉靖以来的大趋势。
张居正当时的说法就是：“不榖当事以来，私宅不见一客，非公事不通私书。”很显然，当时的张居正已经将自己的私函作为一种政务文书性质的东西了，阁臣通过私函与在外督抚直接联系，是一个非常之普遍的事情了。后来的张四维、申时行等阁臣，也相沿成习，使用这种所谓的私函作为处理政务的重要手段。
这就是使得这些阁臣的私函极大地增强了其政治属性及功能，并深度嵌入至当时朝廷中枢治国理政的体制机制中，以致后人论之曰：“江陵秉政，一切机宜皆从书札得之。”
之前有御史也上疏讨论过此事，认为阁臣使用私函处理公务，是不正当的行为，甚至有御史和给事中认为这是阁臣专擅，对此申时行也做了解释：“阁臣以平章政事为职，而用人则政事之大者，故文官自京堂，武官自参将以上，部臣亦与臣等商量。至于各地方事情，若关系重大，督抚等官岂得不与臣等言之？”
当时朱载坖并没有对此事表达什么意见，只是将御史的上疏予以留中，但是私下里则是命令厂卫调查此事，申时行和私函联系范围是极为广泛的，申时行函商的对象涉及到部院、封疆、科道、三司、府县、外差等各级各类官员逾３００人，函询的内容涵盖边防、赈灾、人事、税赋、兵备、河工等国务诸层面。其数量之多、牵涉之广、探讨之细，在历朝内阁辅臣中堪称首屈一指。
当然，这也并不能够说明申时行专权或者是在私下里背着朱载坖干些什么事情，其实这已经成为了现在朝廷上的一种风气了，与公开的奏疏相比，官员之间的公事私函保密性更高，且无严格的形式要求或时程限制，随写随寄，方便快捷，极大地疏通了中央与地方公务处理运行的迟滞，迅速成为朝廷中枢决策机
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