虽然朱载坖已经授权朱翊釴全权处理此事，但是朱翊釴认为，这是有可能要用兵的大事，还是必须要在朱载坖的首肯下实施，在奏请朱载坖同意之后，在西苑无逸殿召开国务会议，内阁辅臣、部院重臣和军机大臣们完全参与，太子朱翊釴主持会议。
重臣们到齐之后向朱载坖父子行礼之后，朱载坖笑着说道：“朕已经将此事全权委托于太子了，今日虽然是太子奏请，朕勉为其难，但是还是太子定夺，朕不过是听上一听罢了。”
在太子的主持下，对于这次六省改土归流事情，内阁已经有了部分的意见，对于这六省，内阁认为各省的实际情况不同，也应该采取不同的措施，如云南、贵州、广西三省，这三省的土司之前已经被大明官军收拾过了，现在对于朝廷还是比较恭顺的，对于这三个地方的土司，可以采取相对比较温和的策略。
但是四川、湖南等地的土司，恐怕是很难善了了，这点朱载坖和朱翊釴也是很清楚的，内阁的意见是虽然朝廷要剿抚并用，但是首先还是要做好军事准备，因为这些土司的想法和正常人还是有很多不同的，尤其是四川等地的土司，实力还是比较强大的，朝廷必须做好军事准备才行。
同时就是对于石柱土司等一些之前对于大明比较恭顺的土司和在平叛中对大明立过功的土司，是否是应该予以优待，这也是一个问题，朱载坖没有参与讨论，他今天只带耳朵来，是听这些重臣们发表意见的，大部分的重臣们都认为对于这些一向恭顺或者是曾经为大明立下战功的土司，要予以厚待，按照功劳大小，给与卫所世职，保证他们的安置，这点还是很重要的。
同时就是对于举兵反抗的，要坚决予以进剿在，这点是毋庸置疑的，对于重臣们来说，比较担心的就是四川和湖广两省的改土归流，一来就是这两省的土司力量强大，而且并没有受过官军的打击，所以他们对于朝廷的恭顺不足，而且这两省的官军久疏战阵，战斗力有多强，确实是很难说的一件事情。
对于这点，军机处也是很清楚的，军机处认为，四川、湖南两省的卫所和常备官军，属于操练而且装备落后，确实是不堪大用，要想整顿两省兵防，还需要时间才行，同时军机处要调度各处
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