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同时镇就脱离了官军的编制成为守备防区的代名词了，镇不再是官军的一级编制，镇内的部队构成，都在军机处的直接控制之下，军机处依照实际情况和各镇确定相应的部队编成，镇和官军的联系被弱化了，常备官军的中高军官皆由朝廷直接任命，提督、总兵行使指挥权，他麾下的参谋军务司、处一方面接受军机处参谋军务总署的命令，同时向总兵提出建议，供总兵官决策，另一方面对下属各师旅的参谋案予以领导，参谋体制代替了之前的监军，提督、总兵下达各种命令都需要参谋军务司、处的协助，这样就构成大明的指挥体制。
等到京营和亲军诸卫整编完成之后，就是对各镇和各都司的常备官军予以整编，朱载坖以明发上谕的形式昭告天下，六军以拱卫天子、守备京畿、征伐不臣蛮夷，同时发布隆庆官军新例，重新确定了从从九品到正一品的武散官作为军阶，还有就是各军阶的晋升条件。