总署对于官军各部实施考成，逮捕、审讯犯罪士卒、军官，将其移送卫尉寺，对于重大案件上，和锦衣亲军一道办案，为锦衣亲军提供武力支持。
朱载坖任命锦衣亲军都指挥同知刘守有担任宪兵都司都指挥使，负责将宪兵都司迅速组建起来，而在朱载坖正在如火如荼的开展改革的时候，一份从倭国来的急递使得朱载坖勃然大怒，隆庆二十六年二月初八日，京师还有些春寒料峭的时候，倭国的急递传递到京师了。
安东都护府都护方逢时、征东大将军、提督倭国水陆军务事刘綎联名向朝廷奏报：朝廷派往倭国查察情况的钦差，成国公、锦衣亲军都指挥佥事朱应桢在倭国京都遇刺，身负重伤，方逢时、刘綎已经调集重兵包围京都了，同时请求朝廷增兵倭国，严查此案，穷究幕后主使，将涉案之人一体诛戮。
朱载坖揽奏大怒，当即命令军机处调发援兵，立即下达命令，从京营、亲军诸卫、蓟镇、真保等镇、山东、辽东两都司抽调兵力驰援安东都护。