兵军务处的时候，就严格要求军纪，在戚继光的整顿之下，官军的军纪已经有所好转了，同时由于朝廷还是能够保障军饷、粮秣等的及时发放，所以士卒逃亡的风气大有好转。
但是朱载坖还是很清楚，军中的各种贪墨、甚至是虐待士卒的行为仍旧存在，朱载坖之前的想法是通过锦衣亲军来进行监督，但是实际上锦衣亲军所承担的侦缉职能已经是非常之重的，他们的注意力主要在地方上，对于驻地官军这样一个相对封闭的群体，锦衣亲军其实是鞭长莫及的，而且锦衣亲军的主要职能在不在于此，作为朝廷和皇帝的耳目和侦缉机关，锦衣亲军更加重要的是负责对于逆党、邪教等重大案件的侦缉，至于军纪维护等，朱载坖决定专门成立一支部队负责此事。
朱载坖命令在军机处下设宪兵都指挥使司，成为军机处的直属机构，宪兵都司的主要职能就是维护军纪，处置军内贪腐，会同清军督练总署核实军籍、考核训练等事务，宪兵实行招考制度，从全国各卫所识字军余、各镇协识字士卒和民间识字青壮中予以征募，加以训练，宪兵的待遇极好，选入即享受小旗待遇，同时严加训练，从锦衣亲军中抽调部分精干校尉，负责充实宪兵都司，整肃军纪军法。
朱载坖还专门下诏解释了这次整顿军纪的目的：“欲成完完节制之师。譬如竹之有节，节节而制之，故竹虽虚，抽数丈之笋而直立不屈；故军士虽众，统百万之夫如一人。军政不肃，法律不严，遇敌则退，谁肯以父母妻子之身，而蹈必死之地？凡赏罚，军中要柄，朕所特重也。乌合之众，上下不亲，非有赏罚，孙、吴不能以为将。是故申明赏罚，务求公正，赏之以众情所喜，罚之以众情所恶，此治军之要也！”
朱载坖命令军机处会同律例馆共同修订大明律的军律部分，严明军法，对于恃强凌弱、忿争无礼、伤农田、损兵器、奸淫盗窃、泄密投敌等严重违纪的恶行，皆要严惩不贷、军法示众。同时也要制定军纪规范和奖惩措施，严格军纪军法，才能够使得官军有战斗力，宪兵都司职能主要是维系军纪，约束其他军人行为举止，处理军队中的各种刑事案件，特别是军人的违反军纪的事件。同时配合清军督练
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