分，而在内廷，除了内侍机构之外，就是六科、翰林院、翰林医官院、文思院、格物院、少府监等衙门，都是直属于皇帝的，并不是外廷行政机构。
这样的话，大明的中枢行政机构就得以简化了，形成内阁和部院两级，内阁是决策机构，而部院则是实务机构，朱载坖决定在内阁下设国务会议，由内阁辅臣、部院堂官参与，皇帝和太子出席，作为解决朝廷大事的协商机构。同时为了对应朝廷的中枢行政机关，地方的行政衙门也要在这个基础上予以调整，由吏部组织各部院和地方沟通，确定好重组和新设立的部门的方案，上报御批之后实施。
而在解决了行政问题之后，军务就是朱载坖下一个要处理的问题的，之前朱载坖通过设立练兵军务处的办法，剥夺了内阁的军事权力，同时将兵部改组为了军政机关，剥夺了兵部的军令权力，现在要思考的是军令机关的改组了。对于此事，朱载坖没有第一时间作出决定，而是先等待行政机构运转起来之后再处理此事。