矿冶事务的管理，负责对于民间矿冶开采的管理和审批，同时规划官营大型矿冶工场的建设和管理，在其下设立制造总署，负责管理朝廷的各个官营工场，除了军事工业归军器监管理之外。
由于商业现在的重要性，朱载坖认为应当专门设立机构管理商业，不仅仅是征税，更重要的是制定工商业发展和政策，与外国的商业条约的商定等事务，所以新设商部，下设保惠、平均、通艺、会计四司及司务所，负责大明商业和对外贸易的管理，与榷征总署、海关总署一道管理贸易事务，制定各种有关商业的政策、法令等。
对于吏部和兵部，则相对调整不大，主要是对于内设机构的调整，对于吏部而言，主要的职责就是对于内外文职官吏进行选拔、任用黜陟，其职权是相对稳定的，除内阁大学士、尚书、都御史等官由廷推或奉特旨外，内外百官皆由吏部会同其他高级官员推选或自行推选。设尚书一员，左、右侍郎各一员。
但是为了更好的管理大明日益庞大的官员队伍，将原本的流外铨选院降为流外铨选总署，负责对于中外吏员进行考选，同时成立流内铨选总署，对于官员进行考核、选拔，原有的文选和考功两司也就并入流内铨选总署，两个总署由左右侍郎执掌，直接对吏部尚书负责，同时原来的验封司、稽勋司仍旧不变。
而对于兵部，也一样是要对于内设机构进行调整，以适应兵部本身的职权变化，原本兵部有职方司，现在兵部不再负责军令制定和传达了，所以原本的职方司也予以取消，兵部除了本衙之外，主要的附属机构就是主管马政的太仆寺，主管邮驿的邮政总署和主管军器生产的军器监，这三个部门仍旧归兵部负责管理，这点不变。
但是兵部作为军政机关，还要负责兵员征集、退伍和粮秣军饷的保障等事项，所以在兵部本衙增设动员、薪饷、粮储三司，负责士卒征募和军饷、抚恤、军储粮秣、军器弹药等的储备与转运等事项，成为朝廷货真价实的军政机关。
这样一来，朝廷就形成的新的行政体制，将原本的六部扩充为九部，增加学部、虞部和商部，同时三院体制也予以完成，即都察院、大理院、司农院，九部三院就成为了外廷行政机构的组成部
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