，之前朱载坖将审计的职能是放在都察院的，目的是为了加强监察，在都察院内设立有审计总署，各省直有审计署，负责对于各省直和朝廷的预算决算进行审计，但是都察院毕竟是专门的监察机构，审计总署在都察院也有不便之处，一些发现的小问题无法得到及时处理，同时由于是都察院下设部门，户部对于审计署一向是十分防范的，审计总署之前的工作开展的并不顺利。
所以朱载坖和重臣们商量了之后，决定将审计总署和各省直审计署转交户部管理，审计署对于大明内外官署、官军、工场的一应账目都要予以稽查核实，对于所发现的问题，户部能够处理的自行处置，金额过大的以及涉及违犯大明律的，由审计总署直接向都察院呈报，由都察院予以题参。
同时都察院也要专门派遣一名佥都御史和相应的御史驻审计总署，查看审计总署的各项审计结论，对于可能有贪墨的行为，都可以予以题参，各省直审计署按季度向巡按御史呈报审计报告，供巡按御史监察，同时在司农院、五军都督、练兵军务处等衙门也要设立审计署，负责审计财务。