之繁杂的，这点朱载坖也是很清楚的，所以为了加强朝廷对于仓储、农业的管理，朱载坖决定将这些事务从户部拿出来，将司农寺升格为司农院，负责整个大明的仓储、农业、赈济等事务的管理，而在户部仅仅保留一个广储司，负责对于这些仓储进行监察的职能，原总督仓场也并入司农院。
新成立的司农院，职权就相对比较大了，负责朝廷仓储管理、农业发展，赈济以及粮食价格的调控等事务，还有新作业的选育和推广，是大明分管农业的相关部门，由原总督仓场杨俊民出任司农院卿。
同时明确户部的相关职能，根据朱载坖和重臣们的商量，户部是朝廷管理财政的重要的部门，而管理财政的首要问题，就是度支，朱载坖之前是在朝廷和地方建立了预算决算制度，但是在户部并没有建立起相关的制度，但是在前宋的三司制度上，就是度支、盐铁和户部，所以朱载坖认为户部的一项重要的职能就是度支，要建立专门的度支机构，负责管理朝廷和地方的预算与决算。
而由于度支的重要与复杂，以一个清吏司来进行管理显然是不合适的，这点不要是朱载坖，就是重臣们也很清楚，所以在朱载坖和重臣们商量之后，决定在户部下设度支总署，专司度支事务，下设承政、参议二厅及田赋、漕仓、税课、莞榷、通阜、库藏、廉俸、军饷、制用、会计等十司与国库经历司。
按照度支的各项职能，各司分掌职务，田赋司掌土田财赋，稽核大明全国庄田地亩。漕仓司掌漕运以及仓储运输事务，核销仓谷委积，各省兵米数，并对其账单、簿籍进行核对。税课司掌商货统税，审核海关，常关盈亏。莞榷司掌海法杂课，盘查道运，各库振敛、禁榷专卖之税，均审校核实。通阜司掌矿政币制，稽核银行、币厂的公续。库藏司掌国库储藏，典守卫颜料、缎匹等库。廉俸司掌核给官禄，审给百司职钱、文钱。军饷司掌核给军饷，审核各省投解协饷。制用司掌核工程经费、京协各饷，兼司杂支例支。会计司掌国用出纳，审计朝廷和地方的收支，编制收支报表。
这些部门分门别类，以专门职能进行对口管理，这样才能够保证朝廷的度支事务顺利，除了度支之外，重要的就是审计了
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