对于现在朝廷上的各种议论，朱载坖认为也必须是要做个了断了，朱载坖一方面将一些出位妄言的官员予以惩处，同时朱载坖通过上谕的形式明确表达了自己的意思，对于张居正本人的评价：“肩承劳怨，力振纪纲，饬举废多，殊功可纪。”对于张居正本人的功劳，朱载坖认为不能予以埋没，对于张居正在首辅任上的所作所为，朱载坖都予以肯定，之前首辅申时行也向朱载坖上疏。
申时行在奏疏中认为，张居正总之功在国家，过在身家，对于张居正的功绩还是要予以的肯定，但是张居正在任期间，确实也有打击过度的嫌疑，一批官员因为得罪张居正，而遭到了打击，这点申时行也予以说明了，申时行请求对于这些人酌情予以复官，同时调和朝廷内部的矛盾。
对于申时行这方面的能力，朱载坖还是信任的，别的申时行不一定行，但是团结诸臣申时行还是有一套办法的，这也是朱载坖任用申时行当首辅的重要原因，在高拱和张居正大刀阔斧的改革之后，朝廷的力量固然是得到了极大的加强，但是也在朝廷内部造成了很大的裂痕。
张居正厉行考成法，同时对于有异议的官员大加打击，这些都使得朝廷内部有党争的倾向了，朱载坖必须消弭党争的风险，一方面是对于挑事妄言的臣子予以严厉打击，对于这些人，朱载坖是不会手软的，同时朱载坖也通过上谕的形式对于张居正本人做了盖棺定论的评价。
朱载坖亲自拟定了上谕，昭告天下：“内海肃清，四夷詟服，太仓粟可支数年，皆居正之功也。成君德，抑近幸，严考成，综名实，清邮传，核地亩，洵经济之才也。开诚布公，容贤逮佞，持止足之戒，惇宽大之风，虽古贤相何以加焉！居正不顾诽誉，综核吏治，厘剔奸弊，十年来民安其业，吏称其职，实纯臣也。”
对于张居正，朱载坖还是以皇帝的名义予以了肯定，同时命令厂卫，将杨四知、丘云章于午门外杖八十，追夺出身以来文字，妻子流三千里，对于这些试图挑动朝廷矛盾的人，朱载坖也采取铁腕手段予以镇压，同时经由吏部、都察院和内阁提请，也将部分之前被张居正所罢黜的官员予以重新启用，缓和朝廷内部尖锐的矛盾。
同时申时行也在其
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