总督汇报官军的粮秣、弹药、军器等消耗情况，总督等大员也要随时检查官军的战备情况，朝廷也会责成卫尉寺对于官军的粮饷、弹药、军器储备情况予以掌握，尤其是军器和弹药的储备，既要保证官军的日常训练和作战，也要保证不能对朝廷构成威胁，这点是很关键的。
除了对于镇协官军进行改革之外，都司卫所也是朝廷的的重点改革方向，首先就是五军都督府，作为卫所的最高管理机构，分领在京除亲军指挥使司外的各卫所和在外各都司卫所。本来权力是很大的，但是在土木之变后，兵部逐渐侵夺五军都督府的权力，在朱载坖即位之后，五军都督府的权力得以加强，但是仍旧受到兵部极大的制约。
朱载坖首先要调整的是五军都督的管辖范围，最开始五军都督府分领各都司是不按地域划分的，但是后来发现这样确实是不便，所以不久就调整为以地域为主体的隶属关系。大致是后军都督府———华北各都司、行都司、左军都督府———华东／东北各都司、右军都督府———西部各都司、前军都督府———华南／华中各都司、中军都督府———河南／徐州以南杭州湾以北各都司和留守司，除左军都督府辖区被中军都督府下南京以东各卫所切断外，其它都督府所辖都司的地域性很强。
但是这样的调整朱载坖仍然认为不够完善，首先是各都督府和各都司距离太过于遥远，都督府根本无从掌握各都司、行都司、留守司的实际情况，朝廷将五军都督府全都留在京师，固然是便于朝廷直接掌握军队，但是也是使得各都督府和分领的都司卫所之间极为陌生，根本无从了解实际情况。
所以朱载坖决定，调整五军都督府的建制，要设立行都督府或者都督府分司，派遣到所管理分领的各都司的地面上去，直接管理所辖各都司卫所，朱载坖在和臣子们商量之后，决定设立行五军都督府，各行都督府以右都督为长官，分驻辖区，对各都司实施就地管理，左都督仍旧驻京师。不仅仅要设立行五军都督府，还要以地域为划分，将各都司、行都司、留守司等归都督府管理，加强朝廷对于卫所的管理。
按照地域划分，行中军都督府驻开封，管辖京师不属于亲军诸卫的各卫所，
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