在建立完善的军事教育之后，就是对于现有的武官和朝廷的军事指挥体制予以调整了，之前在朱载坖的主持下，对于大明官军建立了两套指挥体系，第一套是对于镇协官军的水师的，由练兵军务处予以指挥，包括总理水师衙门等，有关于镇协官军的指挥、调度，都是通过练兵军务处来负责实施的。
而第二套指挥体系就是兵部、五军都督府所领导，对于地方各都司卫所的官军进行管理的指挥体系。
朱载坖首先对于镇协官军的指挥、管理体制进行了改革，和张居正之前所担心的一样，朱载坖一样认为现在总兵、提督的权力过重，基本上对于指挥是一言堂，这点显然不是朱载坖所需要的，随着大明官军的火器化程度逐渐提升，对于官军来说，所需要的技术水平也就更高了，尤其是炮兵等兵种，需要军官们有良好的计算能力，而且后勤的重要性也上升了。
还有各军兵种之间的配合，平时对于士卒训练的监察等等，这些事情，总兵、提督等不可能一人就干了，所以相应的专业军官和官军的内设机构也要加以组建。
官军的主要作战单位是镇，镇也是官军遂行攻防的基本单位，所以说朱载坖的改革方向也主要是从镇开始的，在每镇设立三个下属机构，其一，参谋司，其下有军务、作训、机要、通讯、情报、侦察等下设机构，主要负责官军的日常训练、调度、作战计划的制定与执行；其二，后勤司，负责官军的后勤保障，军粮、军饷以及军器、甲胄、装备、弹药的发放、储存、运输和计划；其三，镇抚司，主要负责整肃军纪，训练监察，对于士卒的教育，反间防谍，对于各级军官的监察等。
这些专门机构负责协助总兵、副将、参将等官军高级将领们处理军务和军队日常事务，实现军队的专业化，同时这些机构的主官等由朝廷任命，即便是总兵、提督等大将，也只有建议权，而没有决定权，尤其是镇抚司，负责监视各级将校，整肃军纪，执行军法，直接对皇帝负责，镇抚司的急递直接通过锦衣亲军的呈递给皇帝，加强朝廷对于边镇的控制。
同时也要通过后勤对于边镇大军予以控制，在新的体制之下，后勤司负责官军的后勤事务，每季度向练兵军务处和所在地
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