是只有卫所而没有州县，所以卫所就接替了州县的作用，其长官上马管军下马管民。卫所权力极大，还有一些是名义上在府州县境内，但又占有大片的土地、人口，足以同府州县相颉颃，这些卫所卫所多分布于边区或少数民族聚居地。
这一类主要分布在沿海和内陆边区。举个简单例子，沿海方面，山东都司成山卫位于文登县境内，但是直接管理着沿海的大片面积领土，山西都司大同左卫、云川卫同治于一城，名义上是属于大同府的，但实际上则是这两个卫直管，在这些地方，卫所长官权力极大，地方官员是难以插手的。
而非实土卫所的权力就要小得多了，卫所治地有府州县，且后者的土地和人口占有绝对优势。这种卫所不能作为地方行政区域来看，主要包括内地、在京的卫所，这些卫所虽然有自己的屯田土地，但是无权管辖除却自己卫所军户之外的人。
朱载坖认为卫所权力的过大并不是好事，大明开国时的那一套对于卫所的管理办法要予以改变了，在朱载坖的严厉整顿之下，卫所军屯的被侵占现象得以减少，卫所士卒的员额也进行了核实，但是之前对于卫所，朱载坖并没有进行大规模的进行改革，因为朱载坖很清楚，卫所作为大明的基础政策，所牵涉的面是极广的，涉及到的人也是很多的，一个不注意，就要整出大事来的。
当年武宗朝整理军屯，直接引发了安化王叛乱，这可不是小事，所以朱载坖一直没有动卫所，仅仅是将现有军屯予以统计，同时规定军屯民田一体起科，减轻了军户的负担，但是现在朱载坖认为对于卫所制度应该有所改变的。
卫所制度确实是有好有坏，对于朝廷来说，卫所制度是一种最简单的控制人口的办法，朝廷通过卫所，不仅仅是控制卫所军士，更是将卫所军士的家人都予以控制了，通过卫所，朝廷可以直接获得大量的人口，而且这些人口直接由朝廷控制，无论是调动去移民实边，还是屯垦，都是极为方便的，朱载坖就是利用了卫所的这个优势，将大量的卫所调出，用于控制新收复的领土。
除此之外，卫所还是朝廷镇协官军的主要兵源来源，虽然镇协官军主要是募兵而来的，但是各镇的大将们在选择兵源的时候，还
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