左、右丞相和将军集体空缺，秦的核心行政、决策层瞬间成为真空，要是一般的政权，遭此打击几乎就一蹶不振了。但秦还真不是一般的政权。二世直接任命赵高为中丞相，一个人承担起决策和行政双重职责。而赵高也不负所望，三个人都担不起的责任，他一个人硬是承担了起来。新年之后，新编的王离军赶赴河北前线，后续粮草源源而进，打得诸侯不敢妄动。
李斯为了给自己脱罪，首先挑拨赵高与二世的关系。在被免职，尚未入狱前，他给二世上书：“今有大臣于陛下擅利擅害，与陛下无异，此甚不便。今高有邪佚之志，危反之行，如子罕相宋也；私家之富，若田氏之于齐也。兼行田常、子罕之逆道而劫陛下之威信，陛下不图，臣恐其为变也。”但二世不为所动，答复道：“夫高，故宦人也，以忠得进，以信守位，朕实贤之。且赵君为人精廉强力，下知人情，上能适朕，君其勿疑。”
李斯下狱后，又公开发言指责二世：“凡古圣王，饮食有节，车器有数，宫室有度，出令造事，加费而无益于民利者禁，故能长久治安。今行逆于昆弟，侵杀忠臣，大为宫室，厚赋天下。今反者已有天下之半矣，而心尚未寤也，而以赵高为佐。吾必见寇至咸阳，麋鹿游于朝也。”很明显，他想用这种占据道德制高点的指责，动员朝中自己的力量反抗二世和赵高。
但赵高有条不紊地推进案件审理，秦的政局没有因为这次政坛大地震而发生混乱，几乎没有官员大声为李斯鸣冤。案件的审理只涉及李斯的宗族、门客，被牵连的大臣似乎也微不足道。
李斯最后的挣扎是再次给二世写信，希望他能够看在过去立下功劳的分上，赦免他的罪过。但赵高根本不许他上书，道：“囚安得上书！”
结案之时，赵高向二世呈报了大批人证、物证，证明李斯的确有谋反之罪。最终被判决”具五刑，腰斩，夷三族“。二世对赵高感激道：”微赵君，几为丞相所卖！“
二世三年新年过后，河北的战事正酣，李斯被杀于咸阳，他的家族成员也全部被杀。后世几乎一致认为，所谓李斯勾结叛军是一状冤案。
从冬到夏，秦的朝政在赵高的统领下似乎还在正常运转，至少在二世看来是如此；但
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